• Suomi
  • English

Sopiva lääke ja oikea annostus tulkinta-algoritmin avulla

Farmakogenetiikan professori, ylilääkäri Mikko Niemi johtaa Helsingin yliopistossa tutkimusryhmää, joka tutkii miten perintötekijät vaikuttavat lääkeaineiden vaikutuksiin, turvallisuuteen ja tehoon. Lisäksi hän selvittää, milloin kannattaa lääkeaineen valinnassa harkita geenitestejä.

”Jos potilaiden perimä testattaisiin systemaattisesti, lääkehoidot voitaisiin paremmin räätälöidä ja annostella yksilöllisemmin”, sanoo Niemi. Suomessa on tällä hetkellä saatavilla kymmenkunta lääkehoitoihin liittyvää geenitestiä. Professori Mikko Niemen tavoitteena on laatia tulkinta-algoritmi, joka auttaa lääkäreitä määrittämään potilaalle sopivan lääkkeen ja oikean annostuksen. Hoidot tehostuvat ja haittavaikutukset vähenevät, jolloin myös kustannukset pienenevät. Lue lisää artikkelista.

Miljoonan potilasnäytteen pankki kasvaa

Miljoonan potilasnäytteen pankki kasvaa. Suomen ensimmäiseen sairaalabiopankkiin Auriaan on tallennettu yli miljoona kudosnäytettä sekä kymmeniä tuhansia verinäytteitä. Turun yliopistollisen keskussairaalan ja Turun yliopiston yhteydessä toimivan Auria Biopankin näytekokoelmat sijaitsevat fyysisesti lounaisen ja läntisen Suomen sairaaloissa. Näytteitä kerätään ja niihin liitetään tarpeellinen metadata, josta ilmenee kliininen tieto näytteen antajasta, määrästä, ajankohdasta ja miten näytettä on käsitelty. Auria Biopankin näytteet ovat muun muassa kudosta, verta ja soluista eristettyä DNA:ta. Lue Auria Biopankin varajohtajan Perttu Terhon haastattelu.

Kaikkien eliöiden perimän selvittäminen mahdollistaa uusia rokotteita ja lääkkeitä

Kaikkien eliöiden perimän selvittäminen mahdollistaa uusia rokotteita ja lääkkeitä. Edessä oleva urakka eri eliöiden ja ihmisten genomien sisältämän tiedon ymmärtämisessä on kuitenkin valtava. Se edellyttää eri tutkimusorganisaatioiden yhteistyötä ja hyvin järjestettyjä tietokantoja. Tarvitaan myös tietolähteiden uudenlaista yhdistämistä ja analysointia. Ihmisten harvinaisten sairauksien selvittämisessä on ollut hyötyä esimerkiksi koirien ja kissojen geeneistä. Suomen keskuksen kautta tutkijoilla on pääsy koirien ja kissojen DNA-pankkeihin, joiden aineistojen ansioista on onnistuttu löytämään esimerkiksi hermorappeumasairauden geeni.

Lue koko artikkeli.

REMS-ohjelmisto: tilattu ja lukkojen takana

Tietoturvallinen datan hallintaohjelmisto jakaa pääsyä vain sellaiseen aineistoon, johon on annettu lupa. Suomen ELIXIR-keskus CSC kehittää ja ylläpitää avoimen lähdekoodin REMS-työkalua, jolla voidaan hallinnoida pääsyä sellaisiin tietoaineistoihin, jotka sisältävät luottamuksellista materiaalia. REMS (Resource Entitlement Management System) on käyttöoikeuksien hallintatyökalu, joka tarvittaessa estää datan laittoman käytön. REMS-työkalun avulla voidaan tilata suuresta datamäärästä vain tietty aineisto, joka toimitetaan tilaajalle tietoturvallisesti lukittuna. Näin tutkija luo käyttämälleen datalle tietoturvallisen analyysiympäristönsä. Tämän mahdollistaa REMS-työkalu.

Lue REMS-työkalun tuotemistajan Tommi Jalkasen (CSC) haastattelu.

THL, HUS ja CSC yhteistyöhön edistämään genomitiedon hyödyntämistä terveydenhuollossa

Ihmisten perimää koskevaa tietoa voidaan käyttää hyödyksi sairauksien toteamisessa, ehkäisyssä, syiden ymmärtämisessä ja lääkehoitoa valittaessa. Genomitiedon perusteella potilaalle voidaan valita hänelle mahdollisimman hyvin sopiva yksilöllinen lääkitys, mikä lisää lääkehoidon tehoa ja turvallisuutta.

Farmakogenetiikka tutkii perintötekijöiden yksilöerojen vaikutusta lääkevasteeseen. Alkavassa yhteistyötutkimuksessa selvitetään, miten tätä tietoa voitaisiin hyödyntää potilastyössä.

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL), HUSLABin Kliinisen farmakologian yksikön ja CSC:n tutkimus toteutetaan THL Biopankista saadulla aineistoilla ja HUS:n potilasdatan avulla.

Aineistoista kartoitetaan lääkehoitoihin vaikuttavien geenimuunnosten yleisyyksiä suomalaisissa ja otoksessa yliopistosairaalan potilaita. Lisäksi tutkitaan, kuinka moni potilasotoksesta sai hoitojakson aikana tai sen jälkeen lääkehoitoa, jonka valintaan tai annosteluun geenitiedolla olisi voinut olla vaikutusta.

– Tutkimuksessa selvitetään, miten genomitiedon avulla voidaan tukea päätöksentekoa lääkkeitä määrättäessä. Lääkkeen vaikutuksiin vaikuttavat perimän lisäksi monet muut tekijät. Genomitietoon pohjautuvia palveluita pitää vielä testata, ennen kuin ne voidaan tuoda laajasti osaksi terveydenhuoltoa, sanoo farmakogenetiikan professori, ylilääkäri Mikko Niemi HUSLABista.

 

Suomalaista genomiosaamista rakentamassa

 

Tällä hetkellä suomalaisten genomitietoa säilytetään useissa eri järjestelmissä ja tietokannoissa. Suuri osa suomalaisten tutkimusryhmien tuottamasta geneettisestä tiedosta sekvensoidaan ja analysoidaan ulkomailla.

Hallitus päätti keväällä 2016 perustaa Suomeen genomikeskuksen ja käynnistää genomikeskuksen perustamista koskevan valmistelutyön. Genomikeskus vastaisi muun muassa kansallisten rakenteiden pystyttämisestä sekä genomitietokannan luomisesta ja ylläpitämisestä.

Osana alkavaa tutkimusta luodaan työnkulku geneettisen tiedon tallentamiselle ja yhdistämiselle potilasasiakirjoista tuotettuun tietoon sekä mahdollistamaan geneettisen tiedon tietoturvallinen jakaminen terveydenhuollon ja tutkimuksen käyttöön. Tässä hyödynnetään CSC:n osaamista sensitiivisen datan hallinnassa. Tutkimuksessa kerättyä osaamista voidaan myöhemmin soveltaa perustettavan genomikeskuksen toiminnassa.

Tutkimusta varten CSC:n ja HUS:n sekä CSC:n ja THL:n välille rakennetaan yksityisverkot, joiden varassa HUS ja THL voivat kasvattaa turvallisesti datan prosessointikapasiteettia CSC:n Suomessa sijaitsevaan datakeskukseen. Henkilötietoja käsitellään henkilötietolain ja potilastietolain mukaisesti tieteellistä tutkimusta koskevin perustein.

– Genomitiedon turvallinen ja tehokas hallinta ansaitsee vakaat perustukset. Suomessa on maailman johtavia teknologiaosaajia, mutta haasteet biologisen datan tulkitsemiselle ja hallinnalle ovat liian suuria, että yksittäisen maan kannattaisi rakentaa koko tarvittavaa infrastruktuuria itse. Tutkimusyhteistyön puitteissa seulomme parhaat kansainväliset teknologiat ja yhdistämme niitä kotimaiseen osaamiseen, jotta farmakologian sovellus saadaan toteutettua asianmukaisesti, kertoo ELIXIR Suomen johtaja ja genomikeskustyöryhmän jäsen Tommi Nyrönen CSC:ltä.

CSC:n koordinoima projekti toteutetaan CSC:n, THL:n ja HUS:n asiantuntijoiden yhteistyönä vuosina 2017–2018. Projektin tilaajana on sosiaali- ja terveysministeriö, ja tutkimuksen edistymisestä sekä projektin tuloksista raportoidaan muun muassa ministeriön asettamalle genomikeskus-työryhmälle.

 

Fakta:

Tutkimus pohjautuu THL Biopankin tutkimusta varten osoittamalle väestöaineistolle, jossa on 30 000 henkilön lainmukaisesti kerättyä genomidataa. Näistä 10 000 henkilöltä on käytettävissä myös eksomisekvensoinnin dataa. Lisäksi tutkimuksessa käytetään HUS:n potilasdataa.

ELIXIR Suomen noodin kapasiteetissa CSC:llä varaudutaan tiedolle riittävään pitkäaikaistallennustilaan, tiedon siirtoon vähintään 10 Gbit/s nopeudella HUS:n ja THL:n järjestelmiin, sekä tarjotaan farmakogenetiikan ohjelmistoympäristölle tiedon prosessointiin tarvittava määrä virtuaalipalvelimia.

Lisätietoja:

Lue aihetta käsittelevä artikkeli

Sosiaali- ja terveysministeriö: Erityisasiantuntija Jaakko Yrjö-Koskinen, p. 0295 163 584, etunimi.sukunimi@stm.fi

HUS: Ylilääkäri, farmakogenetiikan professori Mikko Niemi, p.050 428 0998, etunimi.sukunimi@hus.fi

THL: Erikoistutkija Kati Kristiansson, p. 029 524 8819, etunimi.sukunimi@thl.fi

CSC: Projektipäällikkö Mats Lindstedt, p. 044 575 7171, etunimi.sukunimi@csc.fi

CSC – Tieteen tietotekniikan keskus oy: www.csc.fi
ELIXIR Suomi: www.elixir-finland.org

 

ELIXIR esittelee uudessa julkaisussaan neljä tiedealaa, jotka hyödyntävät sen palveluja

ELIXIR esittelee uudessa raportissaan sen infrastuktuurin tarjoamia mahdollisuuksia eri tieteenaloille. ELIXIR Compute Platform:A Technical Services Roadmap for Life Science Research in Europe on helppotajuinen julkaisu, jossa kerrotaan, miten neljän eri tieteenalaa hyödyntää ELIXIRin palveluja.  Metagenomiikassa selvitetään tietyn elinympäristön geenistöä, tässä tapauksessa meriympäristön. ELIXIRin palveluista on hyötyä mm. bakteerien tutkimisessa. Vilja- ja metsäkasvien genomi- ja fenotyyppidatan integroiminen edistää kasvisairauksien tutkimista. Harvinaisten geneettisten sairauksien tutkimiseksi ELIXIR rakentaa data-arkiston ja työkaluja datan analysoimiseksi. Neljäs alue liittyy diagnostiikkaan: ELIXIR rakentaa turvallisia data-analyysialustoja, jotka hyödyntävät biopankkeja diagnostiikan parantamiseksi.

Lisätietoja:

https://www.elixir-europe.org/platforms/compute

BBMRI.fi: yhteinen biopankkien IT-infrastruktuuri

BBMRI (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure) on 16 eurooppalaisen valtion perustama infrastruktuuri, jonka tavoitteena on edistää eurooppalaisten biopankkien näytekokoelmien ja niihin liittyvien tietojen korkeatasoista tutkimuskäyttöä. Kokoelmien hyödyntäminen auttaa diagnostiikan ja hoitojen kehittämistä sekä terveyden edistämistä ja sairauksien ehkäisyä. Suomessa on toiminnassa jo useita biopankkeja, joille luodaan BBMRI:n ja ELIXIRin yhteistyönä yhteinen tietotekninen infrastruktuuri.

Artikkeli BBMRIstä ja biopankeista

Saimaannorppa apuna populaatioiden perimän tutkimisessa

Biotekniikan instituutissa Jukka Jernvallin ja Petri Auvisen tutkimusryhmissä selvitetään eri lajien perimää ja populaatioiden rakenteita. Tavoitteena on ymmärtää, milloin lajit syntyivät ja eriytyivät toisistaan. Erityisen kiinnostuksen kohteena on saimaannorppa, jonka koko perimä eli genomi selvitetään. Tutkijoiden tavoitteena on saada mahdollisimman korkealaatuinen
referenssigenomi saimaannorpasta. Referenssigenomi on digitaalinen sekvenssitietokanta yhden lajin koko emäsjärjestyksestä, joka on saimaannorpan tapauksessa koottu yhdestä yksilöstä ja ihmisen tapauksessa lukuisista genomeista.

Lue lisää, kuinka referenssigenomi mahdollistaa populaatioiden tutkimiseen tästä artikkelista: Saimaannorppa apuna populaatioiden perimän tutkimisessa

”No country can manage in isolation”

Read an interview of Tommi Nyrönen published by Switch.ch

Web-mikroskooppi tallentaa kudosnäytteet pilveen

Suomalaisten lääkärien Johan ja Mikael Lundinin keksintö tarjoaa tehokkaan ratkaisun kudosleikekuvien analysoimiseen ja tallentamiseen. Fimmic Oy vie edistyksellistä WebMicroscope -pilvipalvelua maailmalle.

Tutkimusdata lisääntyy valtavasti vuosi vuodelta, mikä edellyttää ohjelmistonkehittäjiltä jatkuvaa aktiivisuutta. Isoja datamääriä on pystyttävä analysoimaan ohjelmistoilla, jotka eivät pistä työasemaa jumiin. Suomen molekyylilääketieteen instituutin(FIMM) tutkimusjohtaja ja Fimmic Oy:n CSO Johan Lundin tutkii ja kehittää kuvaperustaista diagnostiikkaa konenäköratkaisujen avulla. Tulevaisuudessa eri datalähteitä, geneettistä dataa, kudosdataa ja kliinistä potilasdataa, yhdistämällä voidaan laatia persoonakohtaisia tautiennusteita ja hoitomuotoja. Tätä on sovellettu erityisesti rinta-ja eturauhassyövän sekä paksunsuolen syövän hoitamisessa.

Veljekset kehittivät täysin web-pohjaisen ohjelmiston, jonka olennaisia osia ovat tehokas kuvapalvelin sekä web-käyttöliittymä,
joka toimii kaikilla selaimilla. Heidän käyttämänsä kompressioalgoritmin avulla kuvat vievät vähemmän tilaa ja latautuvat nopeasti. Kahden gigatavun näytekuva voidaan kompressoida puolen gigan kokoiseksi. Kudosnäyte tallennetaan pilveen ja isoa datamäärää voidaan käsitellä omalta työasemalta helposti ja nopeasti. Verkossa toimivaa mikroskooppipalvelua voi käyttää kaikilla selaimilla ja tableteilla, myös älypuhelimilla. Web-Microscope® on myös yhteensopiva eri mikroskooppivalmistajien kuvaformaattien kanssa. Web-mikroskoopilla on mahdollista tutkia erittäin laajoja aineistoja ja se sopii hyvin myös yhteistyöprojektien yhteiseksi digitoitujen kuvien hallinta- ja analysointipaikaksi.

Lue tästä koko artikkeli: ELIXIR_web-mikroskooppi

Katso video web-mikroskoopista tästä!

ELIXIR uutiskirje on ilmestynyt!

Lue ELIXIR Informed uutiskirje englanniksi täältä!

Majakat valaisevat väylää genomitutkimuksen dataan

ELIXIR aloittaa yhteistyön kansainvälisen Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) koalition kanssa. Tavoitteena on tarjota palveluita datan keräämiseeen, jakamiseen ja hallintaan.  Uusi Beacon-nimen  saanut yhteistyö käynnistyy syyskuussa 2015. Beacon-yhteistyö tarjoaa pääsyn geenidataan European Genome-phenome Archive (EGA:n) sekä Suomen, Ruotsin ja Alankomaiden kansallisiin resursseihin. Lue lisää tästä!

ELIXIR nousuun merkittävän Horisontti 2020 -rahoituksen turvin

11.5.2015, Hinxton, Iso-Britannia – ELIXIR on saanut EU:lta 19 miljoonan euron rahoituksen, jonka avulla on tarkoitus nopeuttaa Euroopan biotieteiden datan infrastruktuurin toteuttamista seuraavien neljän vuoden ajan. Syyskuusta 2015 lähtien ”ELIXIR-EXCELERATE”-ohjelmalla integroidaan Euroopan bioinformatiikan resursseja ja tuetaan kaikkien biotieteiden alojen tutkimus- ja kehitystoimintaa. Se palvelee ELIXIR-käyttäjiä nopeuttamalla olennaisen tärkeiden datapalveluiden kehitystä ja käyttöönottoa.

EXCELERATE-rahoitus auttaa ELIXIR:iä koordinoimaan ja laajentamaan kansallisia ja kansainvälisiä dataresursseja, joilla taataan maailmanluokan biotiededatapalvelut. Se tukee yleiseurooppalaista, kansallisiin infrastruktuureihin pohjautuvaa koulutusohjelmaa, jonka avulla parannetaan bioinformatiikan kapasiteettia ja osaamista. Se tehostaa myös johtamista ja toimintaa koko infrastruktuurissa, joka on hajautettu 17 maahan.

ELIXIR:in johtaja Niklas Blomberg toteaa: ”Olen iloinen, että EU tukee tätä laajavaikutteista projektia. Big datan aikakaudella on kriittisen tärkeää, että pystymme hyödyntämään jäsenmaissa kehitettyä bioinformatiikan kapasiteettia mahdollisimman tehokkaasti. Siitä on hyötyä Euroopan 500 000:lle biotieteiden tutkijalle, joiden intresseissä on, että julkista tutkimusdataa hallitaan pitkällä aikavälillä hyvin, jotta sitä voidaan käyttää uudelleen mahdollisimman tehokkaasti.

EXCELERATE tuo muutoksen bioinformatiikan palveluiden koordinointiin Euroopassa. Sillä varmistetaan, että palvelut ovat yhtenäisiä ja kehittyvät uusien teknologioiden myötä ja että niitä ylläpidetään asianmukaisesti pitkällä aikavälillä.”

Tiiviissä yhteistyössä eri tutkimusyhteisöiden kanssa määritellyt käyttötapaukset auttavat ELIXIR:iä kasvamaan harvinaisten tautien, biolääketieteen, ihmisen perimän, meri- ja kasvitieteen ja muiden erityisalojen parissa työskentelevien tutkijoiden tarpeiden mukaan. Näin taataan, että ELIXIR:in data-, työkalu-, yhteentoimivuus-, laskenta- ja koulutuspalvelut sekä toimialojen tukipalvelut perustuvat käyttäjien tarpeisiin ja että ne tuovat lisäarvoa nykyisiin ja tuleviin tutkimusprojekteihin.

ELIXIR-EXCELERATE lyhyesti:

ELIXIR kutsuttiin Horisontti 2020 -ohjelman puitteissa järjestettyyn tarjouskilpailuun sen jälkeen, kun ESFRI ja Eurooppa-neuvosto päättivät vuonna 2014 luokitella ELIXIR:in yhdeksi Euroopan kolmesta tärkeimmästä uudesta tutkimusinfrastruktuurista. (link to be embedded: https://www.elixir-europe.org/news/elixir-prioritised-esfri). ELIXIR-EXCELERATE on ELIXIR:in vastaus kyseiseen tarjouskilpailuun.

Yhteistyökumppanit on lueteltu alla maittain:

Belgia
Vlaamse Instituut voor Biotechnologie (VIB)

Tšekin tasavalta
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry
Masaryk University
CESNET

Tanska
Danish Technical University

Viro
Tartu University

Ranska
CNRS
INRA
Agricultural Research for Development (CIRAD)

Suomi
CSC-Tieteen tietotekniikan keskus Oy

Kreikka
Alexander Fleming Institute
FORTH
Athena RIC

Israel
Hebrew University of Jerusalem (IL).

Italia
Institute Pasteur (FR); CNR

Alankomaat
Netherlands Bioinformatics Centre

Portugali
Gulbenkian Foundation
INESC ID Lisbon
Instituto de Biologia Experiment al e Tecnologica (iBET)
Centre of Marine Sciences (CCMAR)

Espanja
Spanish National Research Centre (CNIO) Carlos III
Centre for Genomic Regulation (CRG)
Centro de Investigacion Principe Felipe
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)
University of Malaga
Barcelona Supercomputing Center
Spanish National Research Council (CSIC)
Pompeu Fabra University
Parc Cientific de Barcelona
Fundacio Institut mar d’Investigacions Mediques (IMIM)

Norja
University of Bergen
Norwegian University of Science and Technology
University of Tromso
University of Oslo

Slovenia
University of Ljubljana
National institute of Biology

Ruotsi
Linköpings University

Switzerland
SIB Swiss Institute of Bioinformatics

Iso-Britannia
University of Oxford
The Genome Analysis Centre
University of Manchester
The European Molecular Biology Laboratory European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

ELIXIR lyhyesti

ELIXIR (European life-science infrastructure for biological information) on ainutlaatuinen ja ennennäkemätön hanke, joka yhdistää eurooppalaiset bioinformatiikan kansalliset keskukset, palvelut ja ydinresurssit yhdeksi koordinoiduksi infrastruktuuriksi.

ELIXIR integroi Euroopan suurimmat biotieteiden data-arkistot ja yhdistää ne ensi kertaa ELIXIR-jäsenmaiden kansallisiin bioinformatiikan infrastruktuureihin. ELIXIR-infrastruktuuri vastaa Euroopan 500 000 biotieteiden tutkijan tarpeisiin koordinoimalla paikalliset, kansalliset ja kansainväliset resurssit. ELIXIR tukee käyttäjiä Grand Challenge -projekteissa eri aloilla merentutkimuksesta, kasvitieteestä ja maataloudesta aina terveystutkimukseen ja lääketieteeseen saakka.

Lue englanninkielinen tiedote!

ELIXIRILLE rahoitusta Suomen Akatemialta

Suomen Akatemian tutkimusinfrastruktuurikomitea (FIRI) myönsi yli 16 miljoonaa euroa suomalaisten tutkimusinfrastruktuurien rahoitukseen.  Yhteensä rahoitusta sai 41 projektia. CSC on mukana useassa nyt rahoitetussa projektissa.

ELIXIR on Euroopan kattava hajautettu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri, jonka tarkoituksena on kerätä, ylläpitää, säilyttää ja integroida biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamaa aineistoa ja tarvitsemaa tietoa. Suomi liittyi ELIXIRiin vuonna 2014 ja on ollut valmistelutyössä aktiivisesti mukana kuusi vuotta. ELIXIR tarjoaa pääsyn merkittäviin tietopalveluihin kuten Ensembl, Uniprot, Human Protein Atlas ja Protein Data Bank, ja mahdollistaa datan prosessoinnin ja tutkimuksen nykyaikaisilla menetelmillä ja palveluilla.

Nyt saadun FIRI-rahoituksen avulla perustetaan Suomen ELIXIR-keskus CSC:lle. Yhteistyössä ovat mukana myös Suomen molekyylilääketieteen instituutti (FIMM), Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL) ja Biokeskus Suomi. Rahoitusta käytetään Suomen ELIXIR-keskuksen koordinointiin ja asiantuntijatyöhön, jotta Suomi pysyy aktiivisesti mukana kansainvälisen ELIXIR-konsortion toteutuksessa. Tämän lisäksi rahoituksella kehitetään muun muassa ELIXIRin pilvipalveluja ja työkaluja arkaluonteisen datan jakeluun sekä tarjotaan koulutusta bioinformatiikan tutkijoille.

FIRI-rahoitusta myönnettiin myös seuraaville hankkeille, joissa CSC on mukana tuottamassa kestäviä IT-palveluita: FGCI (The Finnish Grid and Cloud Infrastructure) (lue tiedote täältä), INAR RI (Integrated Atmospheric and Earth System Science Research Infrastructure), EU-OPENSCREEN (The European infrastructure of open screening platforms for chemical biology), EPOS (The European Plate Observing System), BBMRI (Biobanking and Biololecular Resources Research Infrastructure) ja EATRIS (European Infrastructure for Translational Medicine) ja FIN-CLARIN (Common Language Resource And Technology Infrastructure).

Lisätietoja:
Suomen ELIXIR-keskuksen johtaja Tommi Nyrönen, CSC, puh. +358 50 381 9511

Suomi liittyi ELIXIR-infrastruktuuriin

Suomi on allekirjoittanut konsortiosopimuksen, jolla perustetaan Eurooppaan luonnontieteiden tutkimusinfrastruktuuri biologiselle tiedolle (ELIXIR). Suomi on yhdestoista maa, joka on allekirjoittanut sopimuksen. Suomea ennen sopimuksen on allekirjoittaneet Euroopan molekyylibiologian laboratorio EMBL, Alankomaat, Israel, Norja, Portugali, Ruotsi, Sveitsi, Tsekki, Viro ja Yhdistynyt kuningaskunta.

ELIXIR on Euroopan kattava hajautettu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri, jonka tarkoituksena on kerätä, ylläpitää, säilyttää ja integroida biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamaa aineistoa ja tarvitsemaa tietoa, joka liittyy mm. molekyylibiologisiin tai lääkeaineiden rakenteisiin ja toimintaan.

ELIXIR mahdollistaa tietojen soveltamisen esimerkiksi sairaanhoitoon tai ruuan tuotantoon antamalla ne vapaasti tutkimuksen, viranomaisten ja yritysten jatkojalostettavaksi. Biologinen molekyylitason tutkimustieto ja sen hyödyntämiseen suunnitellut tietotekniset palvelut ovat keskeisessä asemassa, kun ratkaistaan Euroopan tulevaisuuden haasteita, kuten väestön ikääntymistä sekä ravinnon ja energian ympäristöystävällistä ja kestävää tuotantoa.

Hankkeeseen on sitoutunut 11 valtiota ja Euroopan molekyylibiologian laboratorio EMBL. Lisäksi mukana on tarkkailijastatuksella olevia maita. ELIXIR:n päämaja sijaitsee EMBL-EBI:n kampuksella Cambridgessä.

ELIXIR Suomi on erikoistunut kehittämään, hallinnoimaan ja tarjoamaan pilvipalveluresursseja datan suurkäyttöä (big data) varten biotieteellisille organisaatioille, biopankeille ja translationaaliselle eli niveltävälle lääketieteen tutkimukselle. Osallistumista koordinoi Opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy konsortiossa Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen kanssa (THL). Yhteistyökumppanina on myös Biokeskus Suomi.

Tämän tutkimusinfrastruktuurin kautta mahdollistetaan tutkijoiden keskitetty pääsy Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen, Suomen molekyylilääketieteen instituutin ja sairaanhoitopiirien suomalaisen väestön geenidatan palveluihin. CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy huolehtii tietoteknisestä toiminnasta: CSC tarjoaa tehokkaita laskentaresursseja ja datapalveluja ja data siirtyy nopeasti CSC:n ylläpitämän Funet-verkon kautta.

Pääsyn dataresursseihin mahdollistaa eurooppalaisten biolääketieteen infrastruktuurien suomalainen konsortio, Biomedinfra. Biomedinfrassa BBMRI (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure) kokoaa arvokkaat näytekokoelmat tutkijoiden käyttöön. EATRIS (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine) vie biolääketieteen tuloksia kohti kliinisiä sovelluksia ja ELIXIR (European Life Science Infrastructure for Biological Information) järkeistää biotieteiden datan tallentamisen ja jakelun. Biomedinfra rakentaa kokonaisuuden biopankeista saadun geenitiedon analysoimiseksi ja hyödyntämiseksi. Toimintaan kuuluu IT-ratkaisujen kehittäminen osaksi eurooppalaista verkostoa.

CSC on avannut Suomen ELIXIRin kansallisen keskuksen verkkosivut, joissa kerrotaan tarkemmin suomalaisten osuudesta ELIXIR-hankkeessa.

http://www.elixir-finland.org

 

Suomen ELIXIR on myös osallistunut hankkeen pilotti-projekteihin

http://www.elixir-europe.org/services/pilot-projects

 

Suomen jäsenyys ELIXIR-hankkeessa on osa Suomen Akatemian tutkimuksen infrastruktuurien FIRI-tiekarttaa.

http://www.aka.fi/Tiedostot/Tiekartta/Tutkimusinfrastruktuurien_strategia_ja_tiekartta_2014_20.pdf

 

Opetus- ja kulttuuriministeriön tiedote

http://www.minedu.fi/OPM/Verkkouutiset/2014/09/ELIXIR.html?lang=fi

 

 

 

CSC johtaa arkaluontoisen datan pohjoismaista projektia

NeIC (Nordic e-Infrastructure Collaboration) nimitti Antti Pursulan CSC:stä johtamaan pohjoismaista Tryggve-projektia, jonka tavoitteena on kehittää turvallinen ja helppokäyttöinen e-infrastruktuuri arkaluontoiselle biolääketieteelliselle datalle. Esimerkkejä tällaisesta datasta ovat mm. ihmisten genomien tutkimuksesta ja lääketieteellisestä kuvantamisesta syntynyt data sekä biopankkien sisältämä informaatio.

Tryggve-projekti on yhteistyöhanke NeIC:n ja ELIXIR-osakeskusten (European life science infrastructure for biological information) välillä Norjassa ja Ruotsissa, Suomessa ja Tanskassa. Projekti tekee yhteistyötä myös muun muassa pohjoismaisten biopankkien kanssa.

– Pohjoismaat ovat johtavia maita arkaluontoisen datan käsittelyssä. Monia hyviä palveluita on pilotoitu ja kehitetty näissä maissa. Tryggve-projekti haluaa hyödyntää tätä osaamista, ja kehittää yhteisen e-infrastuktuurin arkaluotoisen biologisen datan käsittelylle. Tämä alusta tullaan kehittämään yhteistyössä kansallisten e-infrastuktuurien kanssa, kertoo Tryggve-projektin johtaja Pursula.

Tärkeä osa projektia on digitalisoida arkaluontoisen datan jakamisprosessi tutkijoiden välillä. On erittäin tärkeää, että sensitiivinen data pidetään turvattuna, ja kukin tutkija pääsee käsiksi vain siihen dataan, joilla heillä on oikeus – eikä mihinkään muuhun.

– Tämä digitaalinen prosessi korvaa tähän asti manuaalisen prosessin lupien kysyntään ja jakamiseen, Pursula selventää.

Tryggve on kolmivuotinen projekti, joka alkoi helmikuussa 2014.

http://neic.norforsk.org

Antti Pursulan haastattelu

 

 

CSC avasi Pouta-pilvipalvelun: palvelu avoin myös biotieteille

CSC on avannut yksilöllisen Pouta-pilvipalvelun laskenta-asiakkaiden erikoistarpeisiin. Pouta-pilvipalvelu on virtuaalinen laskentaympäristö, IaaS-palvelu(Infrastructure as a Service), jossa käytetään CSC:n HPC-laskentainfrastruktuuria. Pouta hyödyntää CSC:n Taito-superklusterin laskentakapasiteettia. Pouta-pilvipalvelu soveltuu erinomaisesti kaikille tieteenaloille, erityisesti vaativiin tutkimusongelmiin, jotka edellyttävät erityissovelluksia tai räätälöityjä käyttöjärjestelmäympäristöjä.

Nyt avattu ainutlaatuinen Pouta pilvipalvelu mahdollistaa asiakkaille ensimmäistä kertaa sellaisetkin laskentahankkeet, jotka eivät ole olleet aikaisemmin mahdollisia CSC:n muilla koneilla. Pouta-pilvipalvelua voidaan käyttää esimerkiksi eri tieteenalojen monia sovelluksia edellyttävissä tutkimuksissa, yhteistyöprojekteissa tiedon jakamiseen tutkimuspartnereiden kesken ja esimerkiksi laskentasovelluksissa, jotka käyttävät selainpohjaista käyttöliittymää. Käyttäjän tarvitsemat pilviresurssit on yksilöity ja varattu asianomaiselle käyttäjälle, eriytettynä CSC:n muusta laskentaympäristöstä.

Poudassa käyttäjä voi vapaasti hallinnoida kaikkia omia virtuaalikoneitaan ja ohjelmistojaan. Poudan avulla käyttäjän on helppo toteuttaa vaativimpiakin laskentasovelluksia. Virtuaalikoneilla sijaitseviin palveluihin voidaan avata pääsy myös muille tutkimusryhmän jäsenille suoraan internetistä. Pouta-palveluun sisältyy myös oma tallennuspalvelu. Pouta-pilvipalvelun käyttö edellyttää CSC:n käyttäjätunnuksia. Pouta-pilviresurssit on helppo ottaa käyttöön tutkijan käyttöliittymästä. Palvelu on hyväksytyille tutkimushankkeille maksuton.

http://research.csc.fi/en/pouta-iaas-cloud

ELIXIR hyödyntää uutta nopeaa tietoliikenneyhteyttä Viron ja Suomen välillä

Uusi nopea tietoliikenneyhteys avattiin Viron ja Suomen tutkimusverkkojen EENeT:n ja FUNETin välillä. Tiedonsiirtokapasiteetti on 40 gigabittiä sekunnissa, mutta se voidaan kasvattaa jopa kahdeksaan terabittiin. Myös viiveet tiedonsiirrossa vähenevät merkittävästi uuden yhteyden myötä.  Viiveet vaikuttavat merkittävästi monien tieteellisten sovellusten toimintaan.

Uudet yhteydet tarjoavat uusia mahdollisuuksia opetukselle, tutkimukselle ja tutkimusinfrastruktuureille.  ELIXIR on yksi niistä tutkimusinfrastruktuureista, jotka hyötyvät uusista yhteyksistä. Suomen ja Viron solmupisteet ovat aloittaneet pilvilaskentaan liittyvän pilotin.  Pilotin toteuttamisesta vastaavat Tarton yliopiston tutkimusryhmä (BIIT) ja CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy. Pilotissa laajennetaan asteittain virtuaalikoneita Virossa kehitetyillä data-analyysi- ja annotaatio-ohjelmistoilla.

ELIXIR laillisesti toimintaan

Euroopan bioinformatiikan infrastruktuuriorganisaatio ELIXIR siirtyi pysyvään toimintaan kun Virosta tuli viides Elixir-konsortiota koskevan sopimuksen ratifioinut maa 18.12.2013. Euroopan kattava pysyvä biologisen tiedon tutkimusinfrastruktuuri on nyt siis virallisesti perustettu.

ELIXIRistä tuli itsenäinen juridinen henkilö kun Viro ratifioi ELIXIR-konsortiota koskevan sopimuksen. Sen ovat jo vahvistaneet Iso-Britannia, Ruotsi, Sveitsi, Tsekin tasavalta ja Euroopan molekyylibiologian laboratorio (EMBL). ELIXIRin tavoitteena on maksimoida laajamittaisen tutkimustiedon hyödyntäminen lääketieteen, maanviljelyksen ja ympäristön hyväksi luomalla kestävä tiedonhallinnan infrastruktuuri.

ELIXIRiä koskevan aiesopimuksen ovat allekirjoittaneet EMBL ja 17 maata eli Belgia, Tsekin tasavalta, Tanska, Viro, Suomi, Ranska, Kreikka, Israel, Italia, Alankomaat, Norja, Portugali, Slovenia, Espanja, Ruotsi, Sveitsi ja Iso-Britannia.

ELIXIRin pysyvän toiminnan alkaessa organisaation jäsenvaltioiden ja Euroopan komission johtavat päätöksentekijät ja tutkijat painottavat tutkimustiedon infrastruktuurin tärkeyttä Euroopan biotieteiden tulevan kehityksen kannalta.

Tanskan teknillisen yliopiston professori ja ELIXIRin väliaikaisen hallituksen puheenjohtaja Søren Brunak toteaa: ”ELIXIRin avulla on luotu koko Euroopan kattavia vahvoja yhteistyökumppanuuksia. Niiden perustana on eri maiden ydinosaaminen, tarkoituksena luoda kestävä ja tulevaisuuteen suuntaava bioinformatiikan infrastruktuuri biotieteiden alalle Eurooppaan.”

Euroopan komission tutkimuksen ja innovoinnin pääosaston pääjohtaja Robert-Jan Smits kommentoi: On ilo nähdä Euroopan tutkimusinfrastruktuuristrategiafoorumi ESFRIn suunnitelman yhden lippulaivahankkeen onnistuvan ja vakiinnuttavan asemansa tärkeänä biologisen ja biolääketieteellisen tiedon Euroopan laajuisena infrastruktuurina. Olen varma, että ELIXIR nostaa Euroopan biotieteiden tutkimuskentän kärkeen auttamalla tiedeyhteisöä vastaamaan merkittäviin terveyteen liittyviin haasteisiin ja löytämään innovatiivisia ratkaisuja sairaanhoitoon.”

”ELIXIR on aidosti hajautettu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri ja sen perustaminen on tärkeä virstanpylväs kaikille mukana oleville”, sanoo Viron opetus- ja tutkimusministeri, professori Jaak Aaviksoo. ”Uusien teknologioiden myötä biologisen tiedon tuottaminen on lisääntynyt räjähdysmäisesti koko maailmassa. Tämä uusi kansainvälisen yhteistyön muoto vakiinnuttaa suurten tietomäärien ja heterogeenisen tiedon käsittelyssä tarvittavat teknologiat ja järjestelmät ja se käynnistyy juuri oikeaan aikaan. On ilo todeta, että virolainen biologisen tiedon hallinnan ja analysoinnin asiantuntemus tulee täysimittaisesti käyttöön koko Euroopan laajuisessa infrastruktuurissa. On myös mielenkiintoista nähdä, mitä hyötyä tästä on tulevaisuudessa biotieteiden tutkimukselle kotimaassa.”

”Tiedon varastoinnin ja bioinformatiikan alan asiantuntemuksen tarpeen odotetaan kasvavan entisestään, joten tätä varten tarvitaan vankka tutkimusinfrastruktuuri pullonkaulavaikutusten välttämiseksi”, huomauttaa Ruotsin tiedeneuvoston tutkimusinfrastruktuurineuvoston pääsihteeri Juni Palmgren. ”Eurooppalaisten tutkijoiden täytyy tehdä yhteistyötä pystyäkseen käsittelemään yhä suurempia tietomääriä.”

Sveitsiläisen SIB Swiss Institute of Bioinformaticsin johtaja professori Ron Appel sanoo: ”Meidän täytyy pyrkiä toimimaan entistäkin enemmän yhteistyön sekä asiantuntemuksen ja resurssien jakamisen hengessä mikäli haluamme saavuttaa merkittäviä läpimurtoja biotieteiden tutkimuksessa. SIB Swiss Institute of Bioinformatics perustettiin 15 vuotta sitten ja yhteistyö on aina ollut toiminnan ydin. Odotan innolla ELIXIRin toteutumista käytännössä, sillä se tuo eurooppalaiseen yhteistyöhön uuden ulottuvuuden ja avaa ovet tieteen tulevaisuuteen.”

Tsekin tasavallan opetusministeri professori Dalibor Štys puolestaan toteaa: ”Tsekin tasavalta antaa ELIXIRille täyden tukensa, sillä se on yksi tärkeimpiä tutkimusinfrastruktuureja biotieteiden alalla Euroopassa. Tämän kaltaisten infrastruktuurien merkitys kasvaa jatkuvasti, sillä niiden ansiosta tieteessä saavutetaan uusia perustavanlaatuisia tuloksia ja päästään perille luonnon salaisuuksista. ELIXIR mahdollistaa tiedon jakamisen ja varmistaa, että yksittäisten yhteistyössä toimivien ryhmien tutkimustyön tulokset voidaan tallentaa ja jakaa muiden käyttäjien kanssa. Toivon erityisesti, että ELIXIRin käytön kautta saavutetut tulokset hyödyttävät yhteiskuntaa ja teollisuutta.”

Ison-Britannian bioteknologian ja biotieteiden tutkimusneuvoston johtaja professori Jackie Hunter sanoo: ”Bioteknologian edistysaskeleiden ansiosta pystymme tallentamaan elintärkeää tietoa nopeammin kuin koskaan ennen. Järjestelmällinen lähestymistapa on tarpeen, jotta pystymme hyödyntämään valtavia tietomääriä maailman huippututkimuksen, taloudellisen kasvun, työpaikkojen luomisen ja hyvinvoinnin kehittämisen hyväksi. ELIXIRin kaltainen yhteistyösopimus varmistaa, että Euroopassa pystytään maksimoimaan biotieteellisen tiedon vaikutukset varastoimalla, järjestämällä, hallitsemalla, jakamalla ja tulkitsemalla tietoa tehokkaasti.”

Euroopan molekyylibiologian laboratorion ja Euroopan bionformatiikan instituutin (EMBL-EBI) ja ELIXIRin valmisteluvaiheen johtaja Professori Dame Janet Thornton sanoo: ”Biotieteiden alalla on Euroopassa saavutettu selkeä yhteisymmärrys siitä, että tämänkaltainen kestävä infrastruktuuri on ehdottoman välttämätön tutkimuksen tulevaisuuden kannalta. Nyt kun ELIXIR on lopultakin totta, odotan innolla että pääsen seuraamaan sen toimintaa käytännössä. Mukana olevien valtioiden sitoutuminen asiaan on jälleen osoitus siitä, miten tärkeää biologinen tieto on kaikille kansalaisille.”

ELIXIRin perustamissopimuksen allekirjoittajat

Tsekin tasavalta, Viro, Ruotsi, Sveitsi, Iso-Britannia ja EMBL.

ELIXIRin aiesopimuksen allekirjoittajat

Belgia, Tsekin tasavalta, Tanska, Viro, Suomi, Ranska, Kreikka, Israel, Italia, Alankomaat, Portugali, Slovenia, Espanja, Ruotsi, Sveitsi, Iso-Britannia ja EMBL.

 

Yhteydenotot

press@elixir-europe.org

 

Enlighten Your Research Global palkinto: samoja virtuaalikoneita eri pilvipalveluihin

Kansainvälisen yhteistyöryhmän Elixir-hankkeessa kehittämä idea virtuaalikoneiden jakamisesta on voittanut kansainvälisen EYR-palkinnon. Palkinto julkistettiin Supercomputing 2013-tapahtumassa Denverissa 18.11.2013. CSCja yhteistyökumppaneiden kehittämässä sovelluksessa (Cross Site VM Operation) Britannian, Alankomaiden ja Suomen biolääketieteen data analyysejä voidaan jakaa tutkimusverkkojen kautta virtuaalisesti. Konseptin avulla eri maissa työskentelevät tutkijat voivat löytää tietoturvallisesti ja huomattavasti aiempaa helpommin merkityksiä valtavasta biolääketieteellisen tiedon massasta.

Biotieteiden analyyseissä tarvittavat ohjelmistot ovat monimutkaisia ja nopeasti kehittyviä. Ohjelmistoja käyttävät tutkijat eivät ole välttämättä laskentatekniikoiden asiantuntijoita. Monimutkaistenkin data analyysien tekeminen pitäisi olla loppukäyttäjälle helppoa.  Lisäksi geenitutkimuksen datamäärät ovat valtavia: dataa ei voi enää tallentaa omalle tietokoneella vaan data-analyysi edellyttää kokonaisen työvuon, joka ajetaan pilvipohjaisessa klusterissa. Myöskään ohjelmistoja ja lähdekoodia ei enää välttämättä jaeta, vaan asiantuntijat ovat alkaneet käyttää verkon yli täysin määriteltyjä virtuaalikoneita.

Sovellus on myös osa ELIXIR-hankkeen pilottia, jossa luodaan biolääketieteen vaatimuksille sopiva federoitu pilvipalvelu. Tavoitteena on, että virtuaalikoneita voidaan käyttää erilaisissa pilvipalveluissa kuten isojen eurooppalaisten tutkimusorganisaatioiden ja infrastruktuurien (mm. EMBL, CERN, ESA, EGI) yhteisissä tiedepilvipalveluissa (esim. HelixNebula). Suomalaiset, alankomaalaiset ja brittiläiset ELIXIR-jäsenet koekäyttävät konseptia parhaillaan. Projektin kuuluvat University Medical Center Groeningen, CSC – Tieteen tietotekniikan keskus, Cambridgen yliopisto, Euroopan Bioinformatiikan instituutti (EMBL-EBI), ELIXIR ja Surfnet.

”Suomeen kaavailtu ELIXIRin solmupiste CSC:llä on erikoistunut biolääketieteen pilvilaskentaan. Pilottipalvelun käyttöaste on ollut kaksi vuotta eksponentiaalisessa kasvussa ja palaute erinomaista. Kansainvälisen yhteistyön kautta pyrimme turvaamaan Suomeen lisää kapasiteettia ja tietotaitoa, ettei datan analyysi muodostuisi pullonkaulaksi tutkimukselle”, toteaa Suomen ELIXIR-solmupisteen vetäjä Tommi Nyrönen CSC:ltä.

Enlighten Your Research Global on palkinto, jonka jakavat  viisi tutkimusverkkoa (ESnet (USA), Funet (Suomi), Internet2 (USA), Janet (Britannia) and SURFnet (Alankomaat). Palkinnon avulla voidaan kattaa kustannukset yhden verkkoinfrastruktuurin rakentamisesta ja sen toiminnasta vuodeksi.

https://www.enlightenyourresearch.net/

 

ELIXIRin tavoitteena on järjestää biotieteiden tuottamien suurten biologisten tietomassojen kerääminen, laaduntarkkailu ja arkistointi.

http://www.elixir-europe.org/

 

Viitteet:

  • Tommi Henrik Nyrönen, et.al.: “Delivering ICT Infrastructure for Biomedical Research”, WICSA/ECSA ‘12 Proceedings of the WICSA/ECSA 2012, Companion Volume p 37-44
  • “Géant and the global alliance, ready for ready for the secure global sharing of genomic data”, Géant Connect, Oct 2013, pp. 4-5
  • H. Byelas, M. Swertz, et.al, “Scaling bio-analyses from computational clusters to grids,” in proceedings of the 5th International Workshop on Science Gateways (IWSG 2013). CEUR-WS.org, ISSN: 1613-0073, 2013, p. 8.
  • H. Byelas and M. Swertz, “Visualization of bioinformatics workflows for ease of understanding and design activities,” in proceedings of the BIOSTEC BIOINFORMATICS-2013 conference, pp. 117–123, 2013.

FIMM laajentaa laskentainfrastruktuuriaan genomi- ja kuvantamistutkimuksen tarpeisiin

FIMM laajentaa laskentainfrastruktuuriaan vahvistaakseen kapasiteettiaan käsitellä turvallisesti laajoja biologisia ja lääketieteellisiä data-aineistoja, joita genomien sekvensointi- ja kuvantamisprojektit tuottavat. Teratavujen suuruiset päivittäiset datamäärät hyödynnetään instituutin tutkimusprojekteissa, joka pyrkivät kehittämään persoonakohtaisia lähetysmistapoja hyvinvointipalveluihin ja potilashoitoon.

Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) IT-infrastruktuuri koostuu tehokkaasta Linux-laskentaklusterista, tallennusverkosta (storage area newtwork system, SAN), varmuuskopiointuinauhoista ja palvelinfarmista, jossa on yli sata fyysistä ja virtuaalista palvelinta, joita ylläpitävät FIMM ja CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy. Näillä palvelimilla ylläpidetään lukuisia bioinformatiikan sovelluksia ja tietokantoja, jotka ovat elintärkeitä molekyyli- ja lääketieteelliselle tutkimukselle. Integroitu IT-infrastruktuuri on osa Biomedinfra-konsortiota (BBMRI, ELIXIR, EATRIS).

 

REMS: Työkalu tutkimusdatan ja tietokantojen hallintaan

REMS-palvelun kautta tutkijat voivat hakea käyttöoikeuksia tutkimuksen tietoaineistoihin, ja aineistojen oikeudenhaltijat käsitellä saapuneita hakemuksia ja hallinnoida käyttöoikeuksia.

CSC:n kehittämä REMS (Resource Entitlement Management System) on työkalu, joka avulla hallinnoidaan käyttöoikeuksia bioinformatiikan tietokantoihin. Käyttäjät pääsevät REMS-järjestelmään esimerkiksi federoidun luottamusverkoston kautta. Tällainen on esimerkiksi korkeakoulujen ja tutkimuslaitosten käyttäjätunnistusjärjestelmä HAKA. Käyttäjät voivat järjestelmään kirjauduttuaan hakea dataresursseja. REMS siirtää hakemuksen resurssin omistajalle ja raportoi saaduista oikeuksista.

REMS-järjestelmää  yhdessä palvelussa. Pohjoismaisen NCDB:n (Nordic Control Database) aineistot tallennettiin EGA:n datavarastoon (European Genome-phenome Archive). Työkalu kehitettiin alun perin bioalan tutkijoita varten ELIXIR-projektissa, mutta siitä pyritään tekemään hallintatyökalu kaikille tieteenaloille.

Lisätietoja:

Youtube-video REMS-palvelun käytöstä: http://www.youtube.com/watch?v=2pkIRjksH2g

https://tnc2013.terena.org/core/presentation/18

BioMedBridges piti ensimmäisen kokouksensa

BioMedBridges (bioalan infrastruktuurien yhteistyöelin) piti ensimmäisen vuosittaisen kokouksensa Dusseldorfissa 11-12.3.
Katso esitelmät.

http://www.biomedbridges.eu/news-first-biomedbridges-annual-general-meeting

Niklas Blomberg ELIXIRin johtajaksi

ELIXIR valitsi tohtori Niklas Blombergin uudeksi ELIXIRin johtajaksi.

http://www.elixir-europe.org/news/elixir-appoints-founding-director

ELIXIR eNewsletter ilmestynyt

ELIXIR eNewsletter (talvi) ilmestynyt.

http://www.elixir-europe.org/news/winter-edition-informed-elixir-enewsletter-available

ELIXIR eNewsletter ilmestynyt

ELIXIR eNewsletter (syksy) ilmestynyt.

http://www.elixir-europe.org/news/autumn-edition-elixir-enewsletter-now-available

CSC isännöi Ewan Birneyn vierailua

CSC isännöi Euroopan Bioinformatiikan Instituutin uuden varajohtajan Ewan
Birneyn vierailua Suomessa.

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/ewanbirney

Euroopan kattava bioinformatiikan infrastruktuuri

Euroopan kattava bioinformatiikan infrastruktuuri rakenteilla – Suomi
allekirjoitti ELIXIR-aiesopimuksen

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/ELIXIR_aiesopimus

Pilvilaskennasta lisätehoa biotutkimukseen

Pilvilaskennasta lisätehoa biotutkimukseen

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/bioinfraan_vauhtia_pilvesta

Eduroam leviää vauhdilla

Eduroam leviää vauhdilla Funet-organisaatioissa

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/eduroam_leviaa

Suuritehoinen tietoliikenneyhteys

Suuritehoinen tietoliikenneyhteys biolääketieteelle

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/biotieteenvalopolku

Suomi investoi biolääketieteen tutkimusinfrastruktuuriin

Suomi investoi 1,85 miljoonaa euroa Euroopan laajuiseen biolääketieteen
tutkimusinfrastruktuuriin

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/biomedinfra

Kalmar2

Kalmar2 käynnistyi – yksi käyttäjätunnus Pohjoismaissa korkeakouluissa

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/kalmar2

Kalmarin unioni

Kalmarin unioni mahdollistaa yhden käyttäjätunnuksen pohjoismaisissa
korkeakouluissa

 

http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/kalmarin-unioni20090210