• Suomi
  • English

Tekoälymalli voi tunnistaa syövän digitoiduista näytteistä

Turun yliopistollisen keskussairaalan ja Auria biopankin tavoitteena on saada kaikki kudosleikenäytteet digitaaliseen muotoon. Näytteet skannattaisiin lasilevyiltä ja jokapäiväisessä patologian työssä diagnostiikka siirtyisi tietokoneelle. Sitten patologi voi katsoa tietokoneella näytteet ja kuvailla ja luokitella ne. Nämä ns. annotaatiotiedot ovat olennaisia, jotta voidaan opettaa tekoälyä automaattisesti tunnistamaan näytteistä esimerkiksi syöpäsolut. Tämä nopeuttaisi huomattavasti patologin työtä jatkossa. Auria biopankissa on panostettu data-analytiikkaan, algoritmien kehitykseen ja koneoppimismalleihin.

Metadatan ja digitoidun näytemateriaalin avulla kehitetään esimerkiksi tekoälysovelluksia, jotka opetetaan luokittelemaan automaattisesti, missä kohtaa kuvassa on syöpäsoluja. Tekoälyn opettamiseen tarvitaan patologien luokittelemaa materiaalia. Auria biopankin johtaja Lila Kallio toteaa, että genomidatan tutkimuskäytön lisäksi digipatologiaa hyödyntävä data-analytiikka on yksi keskeisiä Aurian painopisteitä.

”Entistä enemmän ollaan kiinnostuneita siitä, miten digitoidusta syöpäkudosleikkeestä voidaan tunnistaa eri asioita. Olemme mukana tutkimuksissa, joissa pyritään algoritmin avulla ennustamaan primäärisyöpäkasvaimen näytteen kuvasta esimerkiksi taudin hoitovastetta tai sitä, tuleeko primäärisyöpäkasvain levittämään etäispesäkkeitä. On viitteitä siitä, että algoritmi pystyisi ennustamaan histologisesta kuvasta sellaista, mikä ei silmämääräisesti ole nähtävissä.”

Suomessa on Lila Kallion mielestä oltu datan hallinnoimisessa ja jakamisessa hyvin edistyksellisiä. Suomen biopankkilaki on mahdollistanut tutkimuksen ja tiedon yhdistelemisen eri rekistereistä. Erityisen tärkeää on, että kliininen tieto voidaan yhdistää näytteisiin.

Haasteena nyt ja tulevaisuudessa on Lila Kallion mielestä datan tallentaminen ja hallinnoiminen.

”Dataa tallennetaan sairaanhoitopiirin palomuurien sisälle. Jos patologian diagnostisia näytteitä ruvetaan rutiininomaisesti digitoimaan, tulee myös tallennuskapasiteetti ratkaista. Lisäksi kuvien koko on niin valtava, etteivät ne helposti siirry tavallisten tietoverkkojen kautta.”

Laskentateho ja tietoturvalliset tallennus- ja käyttöympäristöt Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n kanssa tulevat tässä tärkeään rooliin.

Lue lisää artikkelista