• Suomi
  • English

Chipster

CSC:n kehittämä Chipster-ohjelmisto tarjoaa satoja geenidatan analyysityökaluja helppokäyttöisessä muodossa.Se sisältää merkittävän kokoelman analysointityökaluja sekvenssi- ja proteomiikkadatalle sekä mikrosirujen tuottamalle datalle.

CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille Chipster-palvelun, jossa analyysityöt ajetaan cPouta pilvipalvelussa. Chipsterin lähdekoodi ja asennuspaketti on myös vapaasti saatavilla, ja Chipster onkin käytössä monissa instituuteissa ympäri maailmaa.

CSC käyttää avoimen lähdekoodin Hadoop-ohjelmistoa (http://hadoop.apache.org)
suurten datamassojen analysoimiseen. Ohjelmisto pystyy analysoimaan tehokkaasti erilaista dataa ja haravoimaan datamassasta olennaisen tiedon. Esimerkiksi kun geenisekvenssejä analysoiva Chipster-ohjelmisto käsittelee NGS-dataa (Next Generation Sequencing) Map-Reduce-algoritmilla, laskenta voidaan toteuttaa Hadoop-klusterina, joka muodostuu virtualisoiduista laskentasolmuista.

http://chipster.csc.fi

Kaikki ELIXIR Euroopan tarjoamat työkalut:

https://www.elixir-europe.org/services/tools