• Suomi
  • English

ELIXIR

Biolääketieteen tutkijat pääsevät ELIXIRin kautta käsiksi erittäin suureen biologiseen dataan. Suomen ELIXIR-keskus tukee tietoteknisesti ”suuren datan” hyödynnettävyyttä. Sellaista on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen ja Suomen molekyylilääketieteen instituutin digitoiman suomalaisen populaation geenidatan käyttö lääketieteessä. ELIXIRin Suomen keskuksen toiminnasta vastaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.

Biolääketieteellinen tutkimus on tullut data- ja laskentaintensiiviseksi. Data-analyysi tarvitsee koko ajan kehittyneempiä ohjelmistoja ja niiden yhdistelmiä. Tutkimusryhmät ovat rakentaneet omia analyysimenetelmiään vastatakseen lisääntyvään tarpeeseen, mutta laskentaresurssit- ja menetelmät eivät tahdo pysyä kehityksen tahdissa. Lisäksi tutkijat tarvitsevat resursseja datan tallentamiseen ja pääsyn referenssidataan, jotta voitaisiin tehdä järkeviä vertailuja viimeisimpään tietoon. Pääsy edellyttää henkilökohtaista käyttöoikeutta.  Referenssidatan määrä, kuten Syöpägenomiatlaksen (TCGA http://cancergenome.nih.gov), on jo satoja teratavuja. Paras keino vastata haasteeseen on käyttää pilvipalveluja, joissa referenssidata on saatavilla. Suomen keskus suunnittelee näitä palveluja yhteistyössä biolääketieteellisen organisaatioiden kanssa.

CSC:n kehittämä REMS (Resource Entitlement Management System) on työkalu, joka avulla hallinnoidaan käyttöoikeuksia bioinformatiikan tietokantoihin. REMS-palvelun kautta tutkijat voivat hakea käyttöoikeuksia tutkimuksen tietoaineistoihin, ja aineistojen oikeudenhaltijat käsitellä saapuneita hakemuksia ja hallinnoida käyttöoikeuksia. Käyttäjät pääsevät REMS-järjestelmään esimerkiksi federoidun luottamusverkoston kautta. Tällainen on esimerkiksi korkeakoulujen ja tutkimuslaitosten käyttäjätunnistusjärjestelmä HAKA. Käyttäjät voivat järjestelmään kirjauduttuaan hakea dataresursseja. REMS siirtää hakemuksen resurssin omistajalle ja raportoi saaduista oikeuksista.

http://www.elixir-finland.org/aai-rems/