• Suomi
  • English

Palvelut

EUROOPPALAISET PALVELUT

 

ELIXIR aloitti vuonna 2013 biologisen informaation infrastruktuurin rakentamisen (Implementation Phase). Se tapahtuu linkittämällä ELIXIRin jäsenvaltioiden bioalan organisaatiot palveluihin, joita tarjoaaa EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory).

ELIXIR rakennetaan eri puolilla Eurooppaa sijaitsevista biotieteiden keskuksista (Life Science Centers of Excellence). Nämä nk. ELIXIR-solmut yhdistetään nopeiden tietoliikenneyhteyksien avulla keskuspaikkaan Euroopan bioinformatiikkainstituuttiin (EMBL-EBI), joka sijaitsee Hinxtonissa, Britanniassa.

ELIXIRin tietolähteet sisältävät mm. sekvenssidataa, nukleotidien transkriptidataa, dataa proteiinien ilmentymistä ja tietoa lääkeaineiden kaltaisten pienten molekyylien rakenteesta ja toiminnasta. Lisäksi saadaan metabolomiikasta syntyvää dataa. Metabolomiikka on menetelmä, jolla tutkitaan kokonaisvaltaisesti pienimolekyylisten metaboliittien rakennetta, toimintaa ja yhteisvaikutuksia elimistön soluissa, kudoksissa, veressä ja eritteissä.

ELIXIRin keskukset jakavat ja tallentavat dataa, antavat laskentaresursseja, ohjelmistoja ja työkaluja jäsenorganisaatioiden käyttöön. ELIXIRin päämaja luo datarekisterit ja määrittelee datalle standardit. Se myös perustaa Eurooppaan hajautetun laskentainfrastruktuurin biolääketieteelliselle datalle.

ELIXIR tarjoaa tutkimusyhteisölle koulutusta, jossa neuvotaan, miten data voidaan hyödyntää tehokkaasti ja miten datalle luodaan standardit. Tavoitteena on muun muassa, että Suomi tarjoaa biopankkiensa dataa kansainvälisesti. Aineistojen käyttöluvat säilyvät Suomessa. Arkaluontoiseen aineistoon voidaan hakea käyttölupaa REMS-järjestelmän kautta (Resource Entitlement Management System).

Biolääketieteen tutkimus edellyttää pääsyä suuriin biologisiin datamassoihin. Suomen ELIXIR-keskus tukee tietoteknisesti ”Suuren datan” hyödynnettävyyttä. Sellaista on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen ja Suomen molekyylilääketieteen instituutin digitoiman suomalaisen populaation geenidatan käyttö lääketieteessä.

Biolääketieteellinen tutkimus on kasvanut viimeisten vuosien aikana data- ja laskentaintensiiviseksi. Data-analyysi tarvitsee koko ajan kehittyneempiä ohjelmistoja ja niiden yhdistelmiä. Tutkimusryhmät ovat rakentaneet omia analyysimenetelmiään vastatakseen lisääntyvään tarpeeseen, mutta laskentaresurssit- ja menetelmät eivät tahdo millään pysyä tämän kehityksen tahdissa. Lisäksi tutkijat tarvitsevat resursseja datan tallentamiseen ja pääsyn referenssidataan, jotta voitaisiin tehdä järkeviä vertailuja viimeisimpään tietoon. Referenssiaineistojen käyttö saattaa edellyttää myös henkilökohtaista käyttöoikeutta. Paras keino vastata haasteeseen on käyttää pilvipalveluja, joissa referenssidata on saatavilla. Suomen keskus suunnittelee näitä palveluja yhteistyössä biolääketieteellisen organisaatioiden kanssa.

Suomen ELIXIR-keskus CSC tarjoaa tietoturvalliset ja skaalautuvat kansalliset laskentaresurssit pilvipohjaisen käyttöliittymän avulla. CSC:n pilvipalvelu voidaan kytkeä suoraan tutkimusorganisaation omaan sisäverkkoon. Tietoverkkon konfiguroinnin jälkeen paikallisen tutkimusorganisaation IT-asiantuntijat voivat halutessaan hallita virtuaalisia laskenta- ja tallennusresursseja, asentaa haluamansa käyttöjärjestelmän ja vaadittavat ohjelmistot. Tutkija ei erota käyttääkö hän oman instituuttinsa kapasiteettia tutkimusprojektissa vai pyörivätkö hänen prosessinsa CSC:n konesalin tarjoamassa kapasiteetissa. Tietoverkkoyhteys CSC:n ja tutkimusorganisaation välille voidaan rakentaa Funettietoliikenneverkon päällä olevan MPLS-yhteyden tai valopolun kautta. Esimerkiksi CSC:n ja Meilahden kampuksen ja Suomen molekyylilääketieteen instituutin välillä on 10 Gb valopolkuyhteys, joka mahdollistaa biopankeista saadun geenitiedon nopean analysoimisen ja hyödyntämisen.

ELIXIR rakentaa biopankkipalveluja ja diagnostiikan työkaluja. Terveyden ja hyvinvoinnin laitos sekä Suomen molekyylilääketieteen instituutti digitoivat datakokoelmat ja rekisterit, jotka saadaan käytettäväksi Suomen bbmri.fi:n (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure) kautta.

Biolääketieteen organisaatiot pääsevät hyötymään kansallisen ELIXIR-keskuksen palveluista pilvipohjaisten palvelujen kautta. Organisaatio voi liittää omia laitteitaan  (kuten mikroskoopit) verkon yli CSC:n pilvipalvelun virtuaalikoneisiin. Laskentakapasiteetin lisäksi saatavilla on tallennustilaa. CSC:n asiantuntijat tekevät yhteistyötä biolääketieteen organisaatioiden IT-tukihenkilöiden kanssa, jotta palvelu näkyy loppukäyttäjälle saumattomana ja toimivana kokonaisuutena. Loppukäyttäjä pääsee ELIXIRin Suomen keskuksen kautta moniin palveluihin, myös ELIXIRin tarjoamiin kansainvälisiin biolääketieteellisiin dataresursseihin.

Suomen ELIXIR-keskus tarjoaa Suomessa ja Euroopassa kehitettyjä lääketieteen ja bioinformatiikan tutkimuksen työkaluja. Pääsy työkaluihin on tässä osoitteessa: http://bio.tools

ELIXIR toteutti viisi pilottiprojektia, joissa testataan pilvipalveluja. CSC osallistuu kahteen pilottiin: ensimmäinen tutkii jatkuvaa massiivista data-arkiston siirtoa ja toinen tutkii EGA:n (European Genome-Phenotype Archive) datan käyttöoikeuksien myöntämisen yksinkertaistamista. Sveitsin SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) testaa virtuaalisten laitteiden hyödynnettävyyttä pilvessä EMBL-EBI:n datavarastojen ja eri solmupisteiden välillä.

EMBL-EBI yhdessä Espanjan CRG:n kanssa (Centre for Genomic Regulation) tutkivat tapoja, joilla uusi solmupiste voisi jakaa työkuormaa EGA:n datavarastojen rakentamisessa tulevaisuudessa. Ruotsin SciLifeLab tutkii miten Human Proteome Atlaksen tietokanta voidaan yhdistää muihin proteiinitietokantoihin.

ELIXIR SUOMEN PALVELUT