Elixir logo

Elixirin kansainväliset palvelut ja standardit

ELIXIR aloitti vuonna 2013 biologisen informaation infrastruktuurin rakentamisen (Implementation Phase). Se tapahtuu linkittämällä ELIXIRin jäsenvaltioiden bioalan organisaatiot palveluihin, joita tarjoaaa EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory).

ELIXIR rakennetaan eri puolilla Eurooppaa sijaitsevista biotieteiden keskuksista (Life Science Centers of Excellence). Nämä nk. ELIXIR-solmut yhdistetään nopeiden tietoliikenneyhteyksien avulla keskuspaikkaan Euroopan bioinformatiikkainstituuttiin (EMBL-EBI), joka sijaitsee Hinxtonissa, Britanniassa.

ELIXIRin tietolähteet sisältävät mm. sekvenssidataa, nukleotidien transkriptidataa, dataa proteiinien ilmentymistä ja tietoa lääkeaineiden kaltaisten pienten molekyylien rakenteesta ja toiminnasta. Lisäksi saadaan metabolomiikasta syntyvää dataa. Metabolomiikka on menetelmä, jolla tutkitaan kokonaisvaltaisesti pienimolekyylisten metaboliittien rakennetta, toimintaa ja yhteisvaikutuksia elimistön soluissa, kudoksissa, veressä ja eritteissä.

Monet ELIXIR-solmujen resurssit, kuten tiedostot, työkalut, reaaliaikaiset hakukäyttöliittymät ja ohjelmointirajapinnat (API) ovat saatavilla koko ajan.

ELIXIRin keskukset jakavat ja tallentavat dataa, antavat laskentaresursseja, ohjelmistoja ja työkaluja jäsenorganisaatioiden käyttöön. ELIXIRin päämaja luo datarekisterit ja määrittelee datalle standardit. Se myös perustaa Eurooppaan hajautetun laskentainfrastruktuurin biolääketieteelliselle datalle.

ELIXIR tarjoaa tutkimusyhteisölle koulutusta, jossa neuvotaan, miten data voidaan hyödyntää tehokkaasti ja miten datalle luodaan standardit. Tavoitteena on, että Suomi tarjoaa biopankkiensa datan Biomedinfran kautta. Aineistojen käyttöluvat säilyvät Suomessa. Arkaluontoiseen aineistoon voidaan hakea käyttölupaa REMS-järjestelmän kautta (Resource Entitlement Management System).

Lisätietoja:

Biomedinfra: bbmri.fi

Elixir: www.elixir-europe.org

REMS, Youtube-opastus REMS-palvelun käytöstä: http://www.youtube.com/watch?v=2pkIRjksH2g

Selkärankaisten ja aitotumallisten genomien kirjasto: http://www.ensembl.org/

Universal Protein Resource: www.uniprot.org/

Protein Data Bank: www.rcsb.org/pdb/

 

ELIXIRin viisi pilottia

ELIXIR toteuttaa viisi pilottiprojektia, joissa testataan pilvipalveluja. CSC osallistuu kahteen pilottiin: ensimmäinen tutkii jatkuvaa massiivista data-arkiston siirtoa ja toinen tutkii EGA:n (European Genome-Phenotype Archive) datan käyttöoikeuksien myöntämisen yksinkertaistamista. Sveitsin SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) testaa virtuaalisten laitteiden hyödynnettävyyttä pilvessä EMBL-EBI:n datavarastojen ja eri solmupisteiden välillä.

EMBL-EBI yhdessä Espanjan CRG:n kanssa (Centre for Genomic Regulation) tutkivat tapoja, joilla uusi solmupiste voisi jakaa työkuormaa EGA:n datavarastojen rakentamisessa tulevaisuudessa. Ruotsin SciLifeLab tutkii miten Human Proteome Atlaksen tietokanta voidaan yhdistää muihin proteiinitietokantoihin.

https://www.ebi.ac.uk/ega/
http://www.proteinatlas.org/

CSC
Elixir europe
Biomedinfra