• Suomi
  • English

Suoliston salaisuudet

Suoliston bakteerit ovat viime vuosien aikana muuttuneet yhä vastustuskykyisemmiksi antibiooteille. Myös ripulia aiheuttavat bakteerit ovat entistä vastustuskykyisempiä. Antibiooteille resistentit bakteerit ovat maailmanlaajuinen uhka. Professori Anu Kantele on kiinnostunut tietämään, mitä suolistossa tapahtuu ihmisten matkustaessa tropiikkiin ja takaisin kotimaahansa.

 

Tavallisia suomalaisia on lähetetty Beniniin koehenkilöiksi testaamaan uutta ripulirokotetta. ETVAX-rokote otetaan juotavan liuoksen muodossa, samaan tapaan kuin närästyslääke. Kun rokote on saatu markkinoille, suunnitelmien mukaan sitä myydään edullisesti kehitysmaihin.

Mono on Beninin ja Togon rajajoki. Kuva: Ari Turunen

Turisteille ripuli on lähinnä epämiellyttävä kokemus, mutta kehitysmaiden lapsille se on hengenvaarallinen. Ripulitauti on toiseksi suurin alle viisivuotiaiden lasten kuolinsyy maailmassa. Joka vuosi yli 1,7 miljardia lasta sairastuu ripuliin. Näistä yli puoli miljoonaa alle viisivuotiasta kuolee maailman terveysjärjestö WHO:n mukaan. Ripuli on myös suurin syy pienten lasten aliravitsemukseen, lyhytkasvuisuuteen ja oppimiskyvyn heikkenemiseen.

Ripuli on oire, jonka aiheuttavat suolistoon päässeet tautia-aiheuttavat bakteerit, virukset tai loiseläimet. Ne leviävät yleensä ulosteiden saastuttaman veden ja ruuan välityksellä. Ripuli tarttuu erityisesti silloin kun on pulaa riittävästä hygienasta ja puhtaasta juoma- ja talousvedestä. UNICEF:n mukaan vuonna 2010 jopa viidennes maailman asukkaista joutui tekemään tarpeensa ulkosalla. Lähes 900 miljoonaa kärsii puhtaan juomaveden puutteesta.

900 miljoonaa maapallon asukasta kärsii puhtaan juomaveden puutteesta. NEWAW WASH-projektissa rakennettiin hanoja Puware Shikhariin Nepaliin. Kuva: Jim Holmes/AusAID

Tropiikkiin suuntautuvilla matkoilla ripuliin sairastuvien osuus voi olla jopa 60 %. Bakteerit aiheuttavat 80% matkaripuleista ETEC eli enterotoksigeeninen kolibakteeri on yksi yleisimmistä vakavan ripulitaudin aiheuttajista. Siksi ripulia vastaan toimivalla rokotteella on tilausta. Taudinaiheuttajia on tutkittu paljon sekä kehitysmaissa että matkailijoilla. Tiedon avulla on kehitetty uusi rokote, jonka tarkoitus on treenata ihmisen immunijärjestelmä tunnistamaan ja nitistämään taudinaiheuttajat ennenkuin ne ehtivät aiheuttaa oireita.

Escherichia coli –bakteerit eli kolibakteerit elävät normaalisti ihmisten ja eläinten suolistossa. Yli 700 erilaista E.colin tyyppiä on tunnistettu. Ne kuuluvat jokaisen suoliston tavalliseen mikrobistoon ja ovat pääasiassa hyödyllisiä. Ne mm. suojaavat meitä monilta tautia-aiheuttavilta mikrobeilta.

E. coli on maailman tutkituin bakteeri. Se ei yleensä ole vaarallinen, mutta osa on tautia-aiheuttavia. Ripulia aiheuttavia nk. ripulikoleja tunnetaan useita. ETEC on yksi niistä. Se aiheuttaa kovaa vesiripulia”, sanoo infektiosairauksien professori Anu Kantele Helsingin yliopistosta.

ETEC eroaa muista kolibakteereiden tyypeistä, että se tuottaa kahta toksiinia, jotka aiheuttavat merkittävää neste-eritystä ohutsuolesta, toisin sanoen vesiripulia.

”Nyt tutkitaan rokotteen siedettävyyttä ja sen herättämää immuunipuolustusta ja samalla selvitetään sen tehoa matkaripulia vastaan. ETEC-rokotteen kehittäminen on myös yksi WHO:n tavoitteista. Tämä nk. ETVAX-rokote herättää hyvän immuunivasteen ja on nykyisistä ETEC-rokote -ehdokkaista lupaavin.”

Matkaripulin aiheuttajista yleisimpiä ovat nk. ripulikolibakteerit, joita on viittä eri tyyppiä. Yksi tärkeimmistä on enterotoksigeeninen Escherichia coli eli ETEC. Sitä tavataan noin 20-40% :ssa tautitapauksista. Muista bakteereista esimerkiksi kampylobakteeri, salmonellat ja shigellat voivat aiheuttaa hyvinkin rajun taudinkuvan. Niiden yhteenlaskettu osuus on noin 15%.

Kahden vuoden suoja

ETEC-bakteerikannat olivat ensimmäisiä patogeenisiä organismeja, joita varten molekyylidiagnostiikka kehitettiin. Tällä hetkellä rokotetutkijoiden kiinnostus kohdistuu moniin ripulia aiheuttaviin mikrobeihin, kuten ETEC-bakteeriin, Shigella-bakteeriin ja norovirukseen. Muita merkittäviä ripulin aiheuttajia, kuten kolera- ja lavantautibakteereja sekä rotavirusta vastaan on jo olemassa rokotteet.

Tutkimus tehdään Helsingin, Göteborgin ja Johns Hopkins yliopistojen, ja rokotteen vamistajan, Scandinavian Biopharma AB:n yhteistyönä. Mukana on myös Yhtyneet Medix Laboratoriot. Rokotteen turvallisuutta on aiemmin testattu 140 ruotsalaisella aikuisella sekä 450 bangladeshilaisella lapsella. Kummassakin tutkimuksessa rokote- ja lumeryhmissä oli yhtä paljon haittavaikutuksia eli rokotetta pidetään hyvin turvallisena.

Ruotsalaisen tutkimusryhmän tulokset ovat osoittaneet, että ETVAX-rokote herättää voimakkaan immuunivasteen, jota ei tavata lumelääkettä saaneilla.

“Bangladeshin lapsilla rokote oli hyvin siedetty ja vaste on hyvä. Aiemmin on tutkittu turvallisuutta, nyt tutkitaan ensimmäistä kertaa tämän suun kautta nautittavan rokotteen tehoa”, sanoo Anu Kantele.

Rokotteen on arvioitu suojaavan kohtalaista ja vaikeaa ETEC-ripulia vastaan 60-80 prosentilla rokotetuista. ETEC-rokotteen kehitystyöhön on saatu paljon apua kolerarokotteen tutkimuksista. ETEC-bakteerin ja kolera-bakteerin (Vibrio cholerae) patogeeniset mekanismit ovat hyvin samanlaisia. Ne aiheuttavat taudin kiinnittymällä ohutsuolen pintaan ja tuottamalla enterotoksiineja eli suolistomyrkkyä, joka on vastuussa taudin oireista. Toksiini tappaa soluja estämällä niiden proteeinisynteesin. Toksiini muuttaa suolen limakalvon läpäiseväksi, jolloin kudoksista poistuu suoleen runsaasti vettä. Tämä aiheuttaa erittäin voimakkaan vesiripulin. Kolera-toksiini ja ETEC-bakteerin toksiinit ovat rakenteellisesti, toiminnallisesti ja immunologisesti lähellä toisiaan.

ETEC-bakteeri tuottaa sekä lämpölabiilia (LT) että lämpöstabiilia (ST) toksiinia. Molemmat ovat proteiinirakenteisia ja ihmiselle myrkyllisiä. ETEC kantaa plasmidia, rengasmaista DNA-molekyylia, joka ohjaa myrkyn valmistamista.

“ETVAX -rokote sisältää monia osia: tapettuja ETECbakteereita, nk. kolonisaatiotekijöitä, joiden avulla bakteeri pääsee lisääntymään suolessa ja myrkyttömäksi muutettua LT-toksiinia ja siitä valmistettua apuainetta”,  sanoo Anu Kantele.

Kun 800 Beniniin matkustaneen koehenkilön näytteet on analysoitu, voidaan arvioida etenkin, miten rokotteen opettama immuunijärjestelmä toimii matkalla saatua ETEC- bakteeria ja sen LT-toksiinia vastaan. Testaajajoukoista puolet on saanut rokotetta ja puolet lumelääkettä.

Mitä suolistossa tapahtuu?

Anu Kantele laboratoriossa Beninissä. Kuva: Else Kyhälä

Anu Kantele ja hänen ryhmänsä tutkivat ulostenäytteistä ihmisen suolen mikrobistoa, taudinaiheuttajia ja vastustuskykyisiä bakteereita. Osallistujat antavat tutkimukseen erilaisia näytteitä. ETEC-bakteerin ja muiden taudinaiheuttajien anayyseihin tarvitaan ulostenäytteitä. Verinäytteistä ja sylkinäytteistä tutkitaan mm. immuunivastetta ETEC-rokotteelle. Dataa kerätään myös rokotteen mahdollisista haittavaikutuksista. Ripulinäyteet kerätään ja prosessoidaan heti paikan päällä Beninissä laboratoriossa. Näytteitä saadaan periaatteessa valtava määrä. Yksi gramma ihmisen ulostetta voi sisältää jopa miljoona bakteeria.

Tutkijat vertailevat viljely- ja molekyylipohjaisia laboratoriomenetelmiä, joilla ETEC ja muut suolistoinfektioiden aiheuttajat tunnistetaan ulostenäytteistä. He analysoivat vasta-aineita ja immuunipuolustukseen osallistuvia geenejä.

Anu Kantele on tutkinut pitkään ripulitauteja.

“Minua kiinnostaa tietää, miten suolistoon saapuvat uudet bakteerit pääsevät asettumaan suoliston omien bakteerien muodostamaan ekosysteemiin ja miten antibioottihoito tähän vaikuttaa”, kertoo Kantele.

Antibiooteille vastuskykykyisiä bakteerikantoja syntyy herkimmin maailman köyhissä maissa. Syynä on antibioottien liiallinen käyttö. Jos hygieniaolot ovat puutteelliset, vastustuskykyiset bakteerit leviävät helposti ja jopa maasta toiseen. WHO:n mukaan esimerkiksi kolibakteerin aiheuttaman virtsatietulehduksen hoitoon yleisesti käytetyn fluorokinolonin vastustuskykyinen bakteerikanta on levinnyt laajalle.

“Beninin koehenkilöistä saadaan paljon dataa, jolla voidaan analysoida rokotteen tehoa. Lisäksi on tarkoitus analysoida geeniteknologian menetelmin ulostenäytteiden sisältämiä mikrobeja ja selvittää antibiooteille resistenttien kantojen esiintymistä. Dataa on valtavasti, mutta tietoja yhdistelemällä voidaan saada paljon uutta ymmärrystä mm. antibioottiresistenssin leviämisestä.”

Kanteleen mukaan matkailijoiden käyttämistä antibiooteista suurin osa menee matkaripulin hoitoon. Antibiootti lyhentää taudin kestoa, mutta lähes aina tauti menee ohi itsestään myös ilman antibiootteja. Kantele korostaa, että oireita voi lievittää suoliston toimintaan vaikuttavilla lääkkeillä ilman, että resistenttien bakteereiden saamisen riski kasvaa.

“Antibiootit helpottavat resistenttien bakteerien asettumista suolistoon ja niinpä parhaita tapoja tällaisen nk. kolonisoitumisen välttämiseksi on olla nauttimatta antibiootteja. Tänä päivänä antibioottihoitoa suositellaan yleensä vain vakavaan ripuliin, lievemmät hoidetaan nestehoidolla ja mahdollisella suolen toimintaan vaikuttavalla lääkkeellä. Antibiooteille resistenttien bakteerien kantajat voivat kuljettaa bakteerit kotimaahansa ja mahdollisesti levittää siellä edelleen. Kotimaahan saapuvan resistenttien bakteerien virran vähentämiseksi antibiootteja tulis käyttää matkaripulin hoidossa harkiten. ”

Antibiooteille resistentit kannat voidaan nykyään nopeasti tunnistaa geeniteknologisin menetelmin, erityisesti polymeraasiketjurektiolla (PCR). Vielä tarkempaan analyysiin päästään sekvensoinnin avulla. Infektion aiheuttaneen bakteerin nopea tunnistaminen ennen lääkehoidon valintaa on yksi uusi tapa ohjata antibioottien käyttöä.

Yksi Kanteleen johdolla tehdyistä tutkimuksista osoitti, että ripuliin sairastuneista ja antibiootteja ottaneista korkeimman riskin alueilla käyneistä matkailijoista jopa 80 prosenttia toi mukanaan ESBL-superbakteerin. ESBL on erityinen antibiootteja pilkkova entsyymi (Extended Spectrum Beta-lactamases), joka tekee bakteerin vastustuskykyiseksi monille tavallisille antibiooteille.

Myös ripulia aiheuttavalla ETEC-kolibakteerilla voi olla ESBL-ominaisuus.

Anu Kanteleen lähtökohtana on, että matkailusta voi viisastua. Häntä kiinnostaa, millä tavoin ihmisen suoliston mikrobitoiminta muuttuu matkoilla.

“Minua kiinnostaa selvittää mitä tapahtuu 800 tutkittavan suolistossa matkan aikana. Kyseessä on ekosysteemi, jossa vahvimmat bakteerit voittavat. On jännittävää yhdistää tiedot mikrobiston muutoksista siihen miten elimistö niihin vastaa, mitä geenejä aktivoituu jne. Suolistosta paljastuu koko ajan lisää.”

Tutkimukseen osallistuvista 400 saa rokotteen, joka sisältää tapettuja ETEC-bakteereja. Loput 400 saavat lumerokotetta. Rokotematka tehtiin yhteistyössä kulttuurikeskus Villa Karon kanssa. Kuva: Ari Turunen

Sekvensointi ja suoliston metagenomiikka

Ripulia aiheuttavat bakteerit voidaan todeta ulostenäytteestä viljelyllä tai PCR- tutkimksella tai näiden yhdistelmällä. PCR eli polymeraasiketjureaktio on yksi tärkeimmistä molekyylibiologian menetelmistä, jolla esimerkiksi yksittäinen geeni tai mikä tahansa DNA-pätkä voidaan monistaa monta kertaa. PCR suoritetaan elävien solujen ulkopuolella laboratoriossa (in vitro), käyttäen erityistä PCR-laitetta. PCR:n avulla hyvin pienestä DNA-määrästä saadaan muutamassa tunnissa monistettua miljardikertainen määrä samaa DNA:ta.

PCR-tekniikkaa käytetään moniin tarkoituksiin, muun muassa perinnöllisten sairauksien etsimiseen, yksilöiden tunnistamiseen geneettisten sormenjälkien avulla, infektiosairauksien diagnosointiin ja geenien kloonaamiseen. Ulostenäytteistä eristetään mikrobin DNA:ta ja se monistetaan. Eri geenialueita monistamalla voidaan ulostenäytteestä tunnistaa nopeasti ja tehokkaasti taudinaiheuttajia. Mikrobit tunnistetaan emäsjärjestyksen perusteella. PCR:n ohella viljely on tarpeen, koska siitä saadaan selville antibioottiherkkyys.

Suurin osa ihmisen mikrobeista sijaitsee suolistossa. Aikuisen ihmisen suolistossa elää bakteereja yli 1000 erilaisesta lajiryhmästä. Suolistossa olevassa mikrobistossa on geenejä jopa 100 kertaa enemmän kuin ihmisen genomissa. Suoliston bakteereista 99% on anaerobisia eli ne kasvavat hapettomissa oloissa. Lopuista tavallisimpia ovat E. coli-bakteerit.

Suoliston mikrobit muodostavat oman ekosysteeminsä. Mikrobeja on perinteisesti tutkittu ja viljelty laboratorioissa. Nyt metagenomiikan avulla niitä voidaan tutkia paremmin myös niiden luonnollisessa ympäristössä, oli se sitten maaperä tai suolisto. DNA-sekvensoinnilla pyritään selvittämään kokonaisen ekosysteemin geenistön. Ihmisen perimässä on 20 000 geeniä. Mutta näiden geenien lisäksi yksittäisen ihmisen suolistobakteeristo koodaa jopa miljoonaa geeniä, jotka vaikuttavat kehon toimintojen säätelyyn. Ihmisten suolistoista saaduista näytteistä on tunnistettu lähes 10 miljoonaa geeniä, jotka ovat peräisin eri bakteereista. Geneettinen monimuotoisuus on suurta ja dataa on valtavasti. Suoliston mikrobiston geenien toimintojen tuntemus on vielä alussa.

EMBL-EBI:n metagenomiikkapalvelu on automatisoitu tiedonsiirtopalvelu (EBI Metagenomics Pipeline) metagenomisen datan analyysille ja tallennukselle. Näytteitä on ihmisen ruoansulatusjärjestelmästä, maaperästä, vedestä, eläimistä ja kasveista. Palveluun voi luovuttaa tutkittavaa dataa analysoitavaksi ja vertailtavaksi.

Palvelun avulla voidaan saadaa lisätietoa eri mikrobilajien polveutumishistoriasta. Lisäksi saadaan tietoa mikrobien toiminnasta ja aineenvaihdunnasta. EMBL-EBI:n tallentama data on julkisesti saatavilla. EMBL-EBI on osa ELIXIR-infrastruktuuria.

https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/

 

Artikkeli PDF-muodossa

 

Ari Turunen (7.5.2018)

 

CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy

CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
http://www.csc.fi
https://research.csc.fi/cloud-computing

ELIXIR

ELIXIR rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
http://www.elixir-finland.org
http://www.elixir-europe.org