• Suomi
  • English

Yhteistyökumppanit

Suomen ELIXIR-keskus tukee biolääketieteellisten työkalujen kehittäjiä. Jos työkalusta tulee suosittu, sen skaalautuvuutta voidaan tukea keskuksen kautta.

Virtuaalikoneissa voi olla erikoistuneita sekvenssianalytiikan työkaluja sekä työkaluja näytteiden digitoimiseen ja DNA-sirudatan analysoimiseen. Esimerkiksi Webmicroscope.net on virtuaalinen mikroskooppi, jota voi käyttää verkon kautta. Sen avulla voidaan tarkastella, annotoida ja vertailla laskennallisesti mikroskooppikuvia. Chipster.csc.fi on ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin. Chipster tuo tutkijoiden käyttöön kattavan valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä helppokäyttöisessä muodossa.

Kansallisen ELIXIR-keskuksen palveluun on liittynyt monia laboratoriota. Virtuaalikoneita, jotka sisältävät ohjelmistot, ylläpidetään paikallisissa organisaatioissa. Organisaatioiden IT-ylläpitäjät voivat hallita virtuaalikoneitaan, asentaa niihin haluamansa ohjelmistoympäristön sekä liittää ne haluamallaan tavalla osaksi organisaation omaa IT-ympäristöä.

Virtuaalikoneilla on pääsy yksityiseen NFS-tallennustilaan. CSC.llä sijaitseva laitteisto on kytketty yhteen nopealla lähiverkolla.

 

FIMM

 

Suomen molekyylilääketieteen instituutti (FIMM) on kansainvälinen tutkimuslaitos, jonka toiminta keskittyy sairauksien molekyylitason mekanismien selvittämiseen genetiikan ja lääketieteellisen systeemibiologian menetelmin. Tutkimustyössä yhdistyvät korkeatasoinen tutkimus ja teknologia sekä ainutlaatuiset potilas- ja biopankkiaineistot. Tavoitteena on tutkimustiedon siirtäminen terveydenhuollon käyttöön mm. henkilökohtaista lääketiedettä edistämällä

http://www.fimm.fi

 

THL

 

Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL) tutkii ja seuraa väestön hyvinvointia ja terveyttä ja kehittää toimenpiteitä niiden edistämiseksi. THL kerää ja tuottaa tutkimukseen ja tilastoihin perustuvaa tietoa. Lisäksi THL tarjoaa asiantuntemusta ja ratkaisuja, joita sidosryhmät voivat käyttää päätöksenteossa ja työnsä tukena.

http://www.thl.fi

 

Syöpägenetiikan tutkimuksen huippuyksikkö

 

Huippuyksikön tavoitteena on muun muassa selvittää syöpäalttiuden perinnölliset osatekijät – myös polygeenisessä periytymisessä – kaikilla penetranssin tasoilla sekä luoda uusi ja tehokas data-analyysi- ja tiedonlouhintaympäristo huippuyksikön sekä muiden tuottaman laajamittaisen datan käsittelyä varten.

http://www.helsinki.fi/coe/etusivu.html

 

Hautaniemi Lab: Anduril

 

Anduril on vapaaseen lähdekoodiin perustuva ohjelmisto data-analyysiin. Sen on kehittänyt Helsingin yliopiston Hautaniemi Lab. Laboratoriossa kehitetään menetelmiä, joiden avulla voidaan integroida data eri lähteistä, kuten geeneistä, niiden ilmentymisestä ja proteiinien toiminnasta. Tavoitteena on myös yhdistää laboratorion analyysien tulokset biolääketieteellisiin tietokantoihin, jotta ennusteet voidaan testata kokeellisesti.

http://www.ltdk.helsinki.fi/sysbio/csb/default.htm

Structural bioinformatics laboratory (Åbo Akademi)

 

Monitieteellinen laboratorio tutkii proteiinien rakennetta ja toimintaa, molekyylien vuorovaikutusta sekä geeni/proteiini-kehittymistä.

http://web.abo.fi/fak/mnf/bkf/research/johnson/

 

Cell Imaging Core (Biocity Turku)

 

The Cell Imaging Core (CIC) on BioCity Turun yksikkö, joka tukee huippuluokan kuvantamistekniikoiden hyödyntämistä. Yksikkö tarjoaa tutkijoille valomikroskopian ja virtaussytometrian palveluja. CIC:n yhteistyökumppaneita ovat Turku BioImaging sekä EuroBioimaging, ja tavoitteena on parantaa kuvantamistekniikan saatavuutta kansainvälisesti biotieteiden alalla.

https://www.btk.fi/cell-imaging/

 

Biomedicum Imaging Unit

 

Biomedicumin kuvantamisyksikkö tarjoaa tutkijoille asiantuntemusta ja huipputason työkaluja – mm. mikroskooppeja – nykyaikaiseen moniulotteiseen biolääketieteelliseen kuvantamiseen.

http://www.biu.helsinki.fi/default.htm

 

Koiran geenit-ryhmä (Helsingin yliopisto, Folkhälsan)

 

Koiran geenit -ryhmän tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa geenivirheitä erilaisiin perinnöllisiin sairauksiin ja muihin ominaisuuksiin eri roduissa, kehittää sairauksille geenitestejä jalostuksen apuvälineeksi ja soveltaa saatua tietoa ihmissairauksien selvittämiseen. Geenilöydöt avaavat mahdollisuuksia tautimekanismien ymmärtämiseen ja luovat pohjaa diagnostiikan, hoitojen ja mahdollisten lääkkeiden kehittämiseen.

http://www.koirangeenit.fi/

 

Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta (Helsingin yliopisto)

 

Helsingin yliopiston maatalous-metsätieteellinen tiedekunta hyödyntää BC Platforms -yrityksen ylläpitopalvelua ja ohjelmistoa. BC Platforms yksinkertaistaa datahallintoon liittyviä prosesseja geenitutkimuksessa. Yritys kehittää tietokantojen seulomiseen soveltuvia työkaluja isoille ja pienille tutkimustyhmille.

http://www.bcplatforms.com/

 

DNA Sequencing and Genomics laboratory (Helsingin yliopisto)

 

Laboratorio on erikoistunut geenien sekvensointiin ja se toteuttaa erilaisia tutkimushankkeita, joissa voidaan sekvensoida kokonaisia genomeja.

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/dnagen/index.htm

FuGu – Functional Genomics Unit (Helsingin yliopisto, Biomedicum)

 

Funktionaalinen genomiikka tutkii geenien ja geenien toiminnan muutoksia jopa kokonaisen genomin tasolla. Ihmisen koko genomin selvittämisen jälkeen vuonna 2003 valtavasti uusia mahdollisuuksia on avautunut niin akateemiseen tutkimuksessa kuin lääketeollisuudessa. Laboratorio tarjoaa asiakkailleen suuren määrän analysointipalvelja.

http://www.helsinki.fi/fugu/

 

Light Microscopy Unit (Helsingin yliopisto )

 

Laboratorio tarjoaa koulutusta, neuvontapalveluja sekä laitteistojen hallintaan liittyviä palveluja. Tuettuja tekniikoita ovat konfokaalikuvantaminen, MF-mikroskopia (multiphoton fluorescence) TIRF, fluorerenssi ja homoFRET-kuvantaminen. Yksikkö tarjoaa myös datan tallennukseen liittyviä palveluja.

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/lmu/