Elixir logo

Pilottiasiakkaat

FIMM

Suomen molekyylilääketieteen instituutti FIMM on Helsingin yliopiston, Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS), Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) ja VTT:n yhteinen yksikkö. FIMM tuottaa uutta tietoa sairauksien syntymekanismeista. FIMM:n kolme tutkimuslinjaa ovat ihmisen genomin tutkimus, lääketieteellinen systeemibiologia sekä diagnostinen ja terapeuttinen kehitystyö

http://www.fimm.fi

CSC CHIPSTER TEAM

Tieteen tietotekniikan keskuksen CSC:n Chipster-työkalu toimii vapaan lähdekoodin alustalla. Se sisältää merkittävän kokoelman analysointityökaluja sekvenssi- ja proteomiikkadatalle sekä mikrosirujen tuottamalle datalle.

http://chipster.csc.fi

Hautaniemi Lab: Anduril

Anduril on vapaaseen lähdekoodiin perustuva ohjelmisto data-analyysiin. Sen on kehittänyt Helsingin yliopiston Hautaniemi Lab. Laboratoriossa kehitetään menetelmiä, joiden avulla voidaan integroida data eri lähteistä, kuten geeneistä, niiden ilmentymisestä ja proteiinien toiminnasta. Tavoitteena on myös yhdistää laboratorion analyysien tulokset biolääketieteellisiin tietokantoihin, jotta ennusteet voidaan testata kokeellisesti. Tästä on hyötyä diagnostiikassa ja hoitomenetelmissä.

http://www.ltdk.helsinki.fi/sysbio/csb/default.htm

FIMM webmicroscope.net

Lundinin ryhmä Suomen molekyylilääketieteen instituutissa (FIMM) tutkii ja kehittää persoonakohtaisia tautiennusteita kuvaperustaisen diagnostiikan avulla. Selaimessa toimiva mikroskooppi on ryhmän kehittämä. Mikroskoopin (fimm.webmicroscope.net) avulla voidaan digitoida ja tallentaa kaikki mikroskoopilla otetut näytteet. Työkalua käytetään kansallisissa (Biokeskus Suomi) ja kansainvälisissä verkostoissa ( EATRIS). Työkalu on hyödyllinen erityisesti etädiagnostiikassa.

http://www.fimm.fi/en/research/research_groups/lundin_group/

Lue artikkeli web-mikroskoopista tästä: ELIXIR_web-mikroskooppi

Esite virtuaalimikroskoopista suomeksi: www.Elixir_fimmic.SU ja englanniksi: www.Elixir_fimmic.EN

Structural Bioinformatics laboratory (Åbo Akademi)

Monitieteellinen laboratorio tutkii proteiinien rakennetta ja toimintaa, molekyylien vuorovaikutusta sekä geeni/proteiini-kehittymistä.

http://web.abo.fi/fak/mnf/bkf/research/johnson/

Cell Imaging Core (Biocity Turku)

The Cell Imaging Core (CIC) on BioCity Turun yksikkö, joka tukee huippuluokan kuvantamistekniikoiden hyödyntämistä. Yksikkö tarjoaa tutkijoille valomikroskopian ja virtaussytometrian palveluja.  CIC:n yhteistyökumppaneita ovat Turku BioImaging, Biokeskus Suomen National Imaging Network (NIIN) sekä EuroBioimaging.

http://www.btk.fi/cell-imaging/front-page/

Biomedicum Imaging Unit

Biomedicumin kuvantamisyksikkö tarjoaa tutkijoille suuren määrän erilaisia tehokkaita mikroskooppeja (konfokaalimikroskooppeja ja WFM-mikroskooppeja  sekä  suuriresoluutioisia TIRFM- ja STORM-  mikroskooppeja). Myös magneettikuvaus on mahdollista sekä kuvien korjaaminen.

http://www.biu.helsinki.fi/default.htm

Koiran geenit-ryhmä (Helsingin yliopisto, Folkhälsan)

Tärkein osa Folkhälsanin tutkimuksesta on biolääketieteellistä tutkimusta, josta osa keskittyy perinnöllisyyteen ja osa ehkäisevään lääketieteeseen. Yksikkö toimii Biomedicumissa.

Koiran geenit-ryhmän tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa geenivirheitä erilaisiin perinnöllisiin sairauksiin ja muihin ominaisuuksiin eri roduissa, kehittää sairauksille geenitestejä jalostuksen apuvälineeksi ja soveltaa saatua tietoa ihmissairauksien selvittämiseen. Geenilöytö avaa aina myös mahdollisuuksia tautimekanismien ymmärtämiseen ja se luo pohjaa diagnostiikan, hoitojen ja mahdollisten lääkkeiden kehittämiseen.

http://www.koirangeenit.fi/

Syöpägenetiikan huippututkimusyksikkö

Huippuyksikön toiminta keskittyy syövän syntyyn ja etenemiseen liittyvien iturata- ja somaattisen mutaatioiden tutkimukseen, data-analyysiin, mallinnukseen ja tutkimustulosten hyödyntämiseen lääketieteen sovelluksissa sekä tutkijakoulutukseen.

http://www.helsinki.fi/coe/cancer-genetics/etusivu.html

Maataloustieteellinen tiedekunta (Helsingin yliopisto)

Helsingin yliopiston maataloustieteellinen tiedekunta hyödyntää BC Platforms-yrityksen ylläpitopalvelua ja ojelmistoa. BC Platforms yksinkertaistaa datahallintoon liittyviä prosesseja geenitutkimuksessa. Yritys kehittää tietokantojen seulomiseen soveltuvia työkaluja isoille ja pienille tutkimustyhmille.

http://www.bcplatforms.com/

BIIT: Viron ELIXIRin solmupiste

BIIT-tutkimusryhmä  (Bioinformatics, Algorithmics, and Data Mining group) on kolmen virolaisen organisaation (Tarton yliopisto: Department of Computer Science, Quretec, Estonian Biocenter.) yhteenliittymä. Tutkimus kohdistuu geenien säätelyyn, geenien ilmentymisen analyysiin ja tietokantaohjelmistojen kehittämiseen

http://biit.cs.ut.ee/

DNA Sequencing and Genomics laboratory (Helsingin yliopisto)

Laboratorio on erikoistunut geenien sekvensointiin. Tutkimushankkeissa on sekvensoitu kokonaisia genomeja. Lue lisää: Saimaannorppa apuna populaatioiden perimän tutkimisessa.

Esite suomeksi:Leaflet-genomics_SU  ja englanniksi:Leaflet-genomics_EN

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/dnagen/index.htm

FuGu – Functional Genomics Unit (Helsingin yliopisto, Biomedicum)

Funktionaalinen genomiikka tutkii geenien ja geenien toiminnan muutoksia jopa kokonaisen genomin tasolla. Ihmisen koko genomin selvittämisen jälkeen vuonna 2003 valtavasti uusia mahdollisuuksia on avautunut niin akateemiseen tutkimuksessa kuin lääketeollisuudessa. Laboratorio tarjoaa asiakkailleen suuren määrän analysointipalvelja.

http://www.helsinki.fi/fugu/About/personnel.html

Uni Computing: Norjan ELIXIRin solmupiste (Bergenin yliopisto)

Uno Computing on Bergenin yliopiston laskennallisen tieteen yksikkö. Yksikön tutkimusryhmät ovat erikoistuneet laskenalliseen tieteen menetelmiin, algortimeihin ja ohjelmistoihin.

http://www.computing.uni.no/

Centre  For Biological Sequence Analysis: Tanskan ELIXIRin solmupiste (Tanskan teknillinen yliopisto)

CBS on yksi laajimpia bioinformatiikan tutkimusyksikköjä Euroopassa. Yksikkö on kehittänyt laajan valikoiman laskennallisia menetelmiä, joita tarjotaan muille www-palvelimien kautta.

http://www.cbs.dtu.dk/cbs/

Light Microscopy Unit (Helsingin yliopisto )

Laboratorio tarjoaa koulutusta, neuvontapalveluja sekä laitteistojen hallintaan liittyviä palveluja. Tuettuja tekniikoita ovat konfokaalikuvantaminen, MF-mikroskopia (multiphoton fluorescence) TIRF, fluorerenssi ja homoFRET-kuvantaminen. Yksikkö myös hoitaa datantallennuksen.

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/lmu/

CSC
Elixir europe
Biomedinfra