Finnish Use Cases 2-julkaisuissa esitellään kattavasti suomalaista biolääketieteellistä tutkimusta, jossa on hyödynetty eurooppalaisen biolääketieteen infrastruktuurin ELIXIRin resursseja. ELIXIR-infrastruktuuriin on liittynyt lähes 200 tutkimusorganisaatiota ja vaikuttaa yli puolen miljoonan tutkijan työhön Euroopan maissa. Suomen toiminnoista vastaa CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
Julkaisussa esitellään erilaisia tutkimuksia, joissa hyödynnetään uusia bioinformatiikan menetelmiä. Aiheet käsittelevät lääkeainesuunnittelua, tautien syntymekanismeja, solujen mallintamista, mikrobiomeja, tekoälymallien hyödyntämistä diagnostiikassa ja personoituja lääkehoitoja.
Biolääketieteellinen tutkimus on muuttunut data- ja laskentaintensiiviseksi. Datan analyysi tarvitsee koko ajan kehittyneempiä ohjelmistoja ja niiden yhdistelmiä. Lisäksi tutkijat tarvitsevat palveluita ja resursseja datan tallentamiseen ja sen kuvailuun jatkokäyttöä varten.
Esimerkiksi translationaalinen eli niveltävä lääketiede hyödyntää perustutkimusta kliinisessä tutkimuksessa ja toisaalta potilasnäytteitä ja tautimalleja tautimekanismien ja lääkevaikutuskohteiden selvittämisessä. Lähtökohtana on poikkitieteellisyys, joka auttaa tutkimuksen ohella myös potilaita. Monen eri datalähteen yhdistämisen lähtökohta on, että saataisiin enemmän tietoa esille. Yhdistäminen on hyvin paljon laskennallista ja siihen tarvitaan CSC:n resursseja ja ELIXIRin tapaisia infrastruktuureja.
CSC on kehittänyt erityisesti sensitiivisen datan palveluja infrastuktuuriin.
”Ihmisistä tuotetun tutkimusdatan hallinta pitää tehdä ammattitaitoisesti, ja tämä on ELIXIR Suomen yksi tärkeimmistä tavoitteista. Yhdistettynä laadukas sensitiivisen datan hallinta ja suurteholaskenta luovat ennennäkemättömiä mahdollisuuksia suomalaisille tieteentekijöille luoda malleja, jotka ennustavat ihmisten terveyttä, jolloin jokainen meistä hyötyy, ekosysteemi pitää vaan saada toimimaan yhteen”, korostaa Suomen ELIXIR-keskuksen johtaja Tommi Nyrönen.
Vuonna 2013 Euroopassa aloitettiin biotieteiden infrastruktuurin ELIXIRin rakentaminen. ELIXIR turvaa biolääketieteen tutkijoiden pääsyn biologisen datan tietokantoihin ja sen käsittelyyn tarvittaviin laskentaresursseihin, ohjelmistoihin ja niiden käytön koulutukseen. CSC:ssä oli huhtikuuhun 2024 mennessä 2386 biolääketieteen ja terveysalan tutkijaa asiakkaina.
Lue raportti täältä:
ELIXIR is partly funded by the European Commission