Solu- ja molekyylibiologian dosentti FT Vilja Pietiäinen Suomen Molekyylilääketieteen instituutista (FIMM) haluaa kehittää entistä yksilöllisempiä lääkehoitoja.
Mikroskooppikuvantamisella voidaan katsoa miten lääkeaineet vaikuttavat potilaan syöpäsoluihin. Syöpäsolujen kuva-analyysissä hyödynnetään koneoppimismalleja. Tekoälyn opettamiseen on käytetty Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n laskentaklustereita.
”Kutsumme tätä fenotyyppiseksi kuvantamiseksi. Pystymme mikroskooppikuvantamisella määrittelemään soluista satoja erilaisia piirteitä. Tämä on tärkeää tietoa koneoppimisessa. Jos me selkeästi näemme tiettyjä fenotyyppejä, niin voimme opettaa tämän saman koneelle: tässä tämän näköinen solupopulaatio, joka on reagoinut lääkkeeseen näin. Tämän jälkeen voidaan antaa uusi data-aineisto koneelle, joka osaa sitten luokitella solut sen mukaan, miltä ne ovat näyttäneet. Toisaalta, tekoäly voi etsiä myös sellaisia piirteitä tai fenotyyppejä, joita emme pysty itse havaitsemaan tai luokittelemaan.”
iCAN-projekti käyttää Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n palvelua (SD Connect) sekvensointidatan siirtämiseen tietoturvalliseen Academics-käyttöympäristöön.
Tiedot salataan Crypt4GH:lla, joka on Global Alliance for Genomics & Health -järjestön kehittämä suojattu standardimenetelmä ihmisen geneettisten tietojen jakamiseen.
”Tällä tavoin tiedot ovat yhteentoimivia koko CSC:n SD -palveluperheen sisällä ja mahdollisesti myös muiden palveluntarjoajien kanssa, joilla on samankaltaisia tietoja.”
Lue lisää täältä
ELIXIR is partly funded by the European Commission