Eurooppalaiset dataresurssit ovat olennaisen tärkeitä biotieteiden yhteisölle ja biologisen datan pitkäaikaiselle säilyttämiselle. ELIXIR pyrkii varmistamaan, että nämä resurssit ovat saatavilla pitkällä aikavälillä ja että niiden elinkaari hallitaan siten, että ne tukevat biotieteiden tutkimuksen tarpeita. Alla listaus ELIXIR sivuilta:
Kuvaus ELIXIR Europen sivuilta, mistä ELIXIR Core Data Resources -koostuu.
ELIXIR on koonnut luettelon resursseista, joita se suosittelee datojen tallentamiseen. Tiedeyhteisöllä on yhteinen vastuu datan pitkäaikaisen säilymisen ja saatavuuden varmistamisesta. Tämän luettelon tarkoituksena on opastaa linjauksia ja työskentelysuosituksia laativille sopivia tietovarastoja biotieteiden avoimen datan julkaisemiseen.
ELIXIR Deposition Database määritellään osaksi ELIXIR-keskusten palveluportfoliota.
Suomella on pitkät perinteet biopankkinäytteiden ja niihin liittyvän kliinisen tiedon keräämisessä ja analysoinnissa. Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL), Suomen molekyylilääketieteen laitos (FIMM) ja CSC – Tieteen tietotekniikan keskus tekevät yhteistyötä kolmen biolääketieteen infrastruktuurihankkeen puitteissa Euroopassa: Biopankki- ja Biomolekyyliresurssien tutkimusinfrastruktuuri (BBMRI), European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine (EATRIS) ja European Life Science Infrastructure for Biological Information (ELIXIR).
BBMRI vastaa biopankeista, joita hyödynnetään sekä kliinisissä tutkimuksissa että elintapojen ja ympäristön terveysvaikutusten tutkimuksessa. EATRIS puolestaan soveltaa perustutkimuksen tuloksia lääketieteeseen.
Biopankkien Osuuskunta Suomi – FINBB perustettiin vuonna 2017 osana Suomen terveysalan kasvustrategian toteuttamista kehittämään Suomeen kansainvälisesti merkittävää biopankkien yhteistyöverkostoa. FINBB tehtävä on kehittää Suomen terveys- ja biolääketieteellisen tutkimuksen kilpailukykyä tuomalla Suomen biopankkien ja niiden taustaorganisaatioiden tietovarannot keskitetysti tutkijoiden saataville. FINBB on ollut virallinen FinnGen-projektin kumppani elokuusta 2020 lähtien.
Jäsenbiopankkeja on tällä hetkellä kahdeksan:
Biopankkiverkoston toiminnassa ovat mukana lisäksi Veripalvelun Biopankki ja Hematologinen Biopankki. Suomen Terveystalon Biopankki tekee verkoston kanssa yhteistyötä.
Muita kansallisia dataresursseja
| Data resurssi | Instituutti | Kuvaus |
|---|---|---|
| SISu | FIMM | Sequencing Initiative Suomi (SISu) -hakukone tarjoaa tavan etsiä dataa suomalaisten sekvenssivarianteista. |
| FinHealth Study | THL | FinTerveys-tutkimuksen tavoitteena on tuottaa ajankohtaista tietoa Suomessa asuvien aikuisten terveydestä ja hyvinvoinnista sekä niihin vaikuttavista tekijöistä. |
| Findata | Sosiaali- ja terveysalan tietolupaviranomainen | Findata myöntää lupia tietojen toissijaiseen käyttöön, yhdistää aineistot tietoturvallisesti ja edistää kansalaisten tietosuojaa. |
| Koirien geenitutkimus | Helsingin yliopisto ja Folkhälsanin tutkimuskeskus | Koirien geenitutkimuksen tavoitteena on tunnistaa geenivirheitä koirien erilaisiin perinnöllisiin sairauksiin ja ominaisuuksiin, kehittää geenitestejä jalostuksen apuvälineeksi ja soveltaa saatua tietoa ihmissairauksien selvittämiseen. |
| Kissojen geenitutkimus | Helsingin yliopisto ja Folkhälsanin tutkimuskeskus | Kissojen DNA-pankki hyödyttää perinnöllisten sairauksien ja ominaisuuksien tutkimusta. Laaja näytemäärä päivitetyin terveystiedoin yhdistettynä tietoihin muista kissan ominaisuuksista (esim. käyttäytyminen) mahdollistaa lukemattomat erilaiset geenitutkimukset. |
Mikäli sinulla on tarjottavana dataresursseja, älä epäröi ottaa yhteyttä servicedesk@csc.fi Aihe ”ELIXIR”
ELIXIR is partly funded by the European Commission