Metagenomiikkaan liittyvät tutkimukset ovat osoittaneet, että antibioottien resistenssigeenit ovat yleisiä elinympäristössä. On suuri riski, että nämä geenit siirtyvät bakteereihin, jotka aiheuttavat tulehduksia ihmisissä.
Katariina Pärnänen Turun yliopistosta hyödyntää metagenomien sekvenssidataa, jota on myös kerätty laajoihin avoimiin tietokantoihin. Dataa hän analysoi Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n supertietokoneiden avulla. Näin pystytään tunnistamaan eri bakteerilajeja ja niissä olevia resistenssigeenejä.
”Jostakin bakteerilajista voidaan tunnistaa sellaisia geenejä, mitkä esiintyvät sen perimässä vain kerran ja sitten vertailemalla niitä muiden lajien tietokannoissa oleviin geeneihin pystytään sanomaan, mikä bakteerilaji on kyseessä. Resistenssigeeneistä etsitään osumia: sopiiko se tietokannoissa olevaan resistenssigeeniin? Sitten voidaan todeta, että jollakin ihmisellä on ulostenäytteessään kymmenen resistenssigeeniä tai että hänellä on tietty määrä kolibakteereja.”
Katariina Pärnäsen toiveena on tutkia kaikkien maailman ihmispopulaatioiden suolistomikrobinäytteet, joista on tehty metagenomisekvensoinnit ja jotka ovat tietokannoissa avoimesti saatavilla.
”Olisi kiinnostavaa keskustella CSC:n asiantuntijoiden kanssa, miten tämä olisi teknisesti mahdollista. Tämä myös edistäisi avointa tiedettä, koska tunnistetut resistenssigeenit ja mikrobiomeista löydetyt eliölajit voitaisiin tallettaa myös muiden tutkijoiden käyttöön.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC –Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission