Metagenomiikan menetelmillä voidaan tutkia ja sekvensoida useita eliöitä samanaikaisesti samasta näytteestä. Luononvarakeskuksen tutkija Jenni Hultman kollegoineen sekvensoi mikrobiyhteisöistä jopa miljoonia geenejä. Siihen tarvitaan Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n laskentatehoa, koska data-aineistoa on teratavuja.
”Olemme saaneet selville, millaisia mikrobeja subarktisella alueella on ja mitä ne tekevät. Data-aineiston käsittely on vienyt tolkuttoman määrän laskentaresursseja. Löysimme paljon tuntematonta mikrobistoa ja tuntemattomia geenejä.”
Näytteistä saatuja DNA-sekvenssejä on analysoitu ja pyritty tunnistamaan uusia lajeja ja sukulaisuussuhteita. RNA-sekvenssejä analysoimalla on puolestaan selvitetty, mitä mikrobiyhteisöt tekevät näytteenottohetkellä.
”Olen erityisen innoissani, että pääsin käymään talvella näillä samoilla paikoilla. Nyt pystytään selvittämään vuodenaikaisvaihtelua eli mitä mikrobiyhteisöissä tapahtuu kesällä ja talvella ja miten lämpimät syksyt vaikuttavat mikrobitoimintaan.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
https://research.csc.fi/cloud-computing
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission