BeYond-COVID-projektin (By-COVID) tavoitteena on saattaa eri Euroopan maista kerätty COVID-19 data tutkijoiden, sairaaloiden ja julkishallinnon saataville. Datan tunnistaminen, yhdistäminen eri lähteistä ja sen integroiminen analyysejä varten on iso urakka. Tähän haasteeseen on tarttunut 53 organisaatiota 19 eri maasta. Suomesta mukana on THL ja Tampereen yliopisto. Suomesta THL:ssä kerättyä dataa on käsitelty CSC:ssä.
THL:n tutkimusprofessori Markus Perolan mukaan By-COVID-projekti yksinkertaisesti valmistautuu seuraavaan pandemiaan analysoimalla COVID-19 dataa.
”Nyt pilotoidaan, miten tällaista yhteistyötä voidaan tehdä kun seuraava pandemia tulee. Tämä näyttää olleen tarpeen.”
Perolan mukaan datan harmonisaatiota todella tarvitaan Euroopan maiden kesken.
”Esimerkiksi eri maiden käsitykset, mitä pidetään COVID-tartuntaketjuissa olennaisina tekijöinä voivat poiketa paljonkin toisistaan.”
Perola käyttää lähes kaikissa tutkimuksissaan CSC:n laskentaa ja sensitiivisen datan tallennus- ja analyysipalveluja. Geneettisen aineiston lisäksi hän hyödyntää paljon rekisteriaineistoja. By-COVID-projektissa hänen tutkimusryhmänsä on hyödyntänyt suomalaisia tartuntatautirekistereitä sekä Tilastokeskuksesta saatua kuolinsyydataa. Dataa käytetään yhteisiin -analyyseihin By-COVID-projektissa. THL:n raakadata on käytettävissä CSC:n sensitiivisen datan palveluissa, mutta se ei poistu Suomen rajojen ulkopuolelle. Tämän lisäksi By-COVID-hanke kerää tietoa viruksesta itsestään. Tämä tieto on avointa tutkimusdataa.
”THL osallistuu hankkeessa yhteen työpakettiin, jossa federoidusti analysoidaan eri maista saatua rekisteridataa. Hankkeessa poimitaan tiettyjä asioita eri rekistereistä ja yhdistetään niitä ja edetään yhteiseen analyysin Euroopan laajuisesti.”
Suomesta kerätty rekisteridata pitää sisällään kaikki Suomen asukkaat, joilla on henkilötunnus.
Markus Perolan mukaan tällainen datan kerääminen ja analysoiminen on välttämätöntä tehdä. Hänen mielestään olisi jopa epäeettistä jättää käyttämättä tärkeä tieto, joka Euroopan kansalaisista kerätään.
”Miksi dataa kerätään, jos sitä ei käytetä? Tilastointi on tärkeää, mutta se ei riitä, että informaatio saadaan siirrettyä kliiniseen työhön tai yhteiskuntapoliittiseen päätöksentekoon. Tähän tarvitaan vertaisarvioitua tieteellistä tutkimusta ja sitä By-COVID tarjoaa.”
Projekti päättyy syksyllä 2024.
By-COVID-projektin sivuilla on saatavilla COVID-19-dataa sisältämä portaali. Hanketta koordinoi ELIXIR-infrastruktuuri, jonka jäsenorganisaatio EMBL-EBI on koonnut portaalin tärkeimmät koronaviruksen data-aineistot. Tutkijat pääsevät portaalin kautta analysoimaan COVID-19 viitedataa. Se sisältää yli 8 miljoonaa COVID-viruksen sekvenssiä.
Suomen Akatemia rahoitti Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n kokeilua, jossa portaalin sisältämää dataa analysoitiin ja testattiin Suomen LUMI-supertietokoneella. Työ tukee By-COVID-hanketta: CSC:n tärkeä tehtävä on edistää supertietokoneiden käyttöä dataintensiivisessä laskennassa.
Suomen ELIXIR-keskuksen johtajan Tommi Nyrösen mukaan projekti selviytyi monista teknisistä datan hallinnan haasteista
“Laskennan työvuot Euroopan bioinformattikan instituutista EMBL-EBI:stä mahdollistivat COVID-19 – virusdatan analysoimisen ja tämä työ tehtiin yhteistyössä CSC:n ja EMBL-EBI:n asiantuntijoiden kanssa.. Eurooppalaisessa superlaskennassa voimme nyt siirtää satoja tuhansia viruksen datapisteitä päivittäin laskentakeskusten välillä ja tässä apuna ovat eurooppalaiset tutkimusverkot.”
Tästä seuraa, että supertietokoneen kapasiteettia tarvitaan tulevaisuudessa analysoimaan koko dataa.
“Tätä vaaditaan nopean vastatoimen takia pandemian ollessa kyseessä ja myös COVID-19-portaalissa olevan datasta saadun tiedon päivittämiseksi.”
Ari Turunen
1.4.2024
Lue artikkeli PDF-muodossa
Sitaatti
Turunen, A., & Nyrönen, T. (2024). European research community preparing for next pandemic. https://doi.org/10.5281/zenodo.13691578
FIRI
Suomen Akatemia on tukenut artikkelin tuotantoa apurahalla numerolla 345591, joka on myönnetty FIRI 2021-hankkeelle ”ELIXIR European Life-Sciences Infrastructure for Biological Information”.
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keski- tettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission