Helsingin yliopiston dosentti Mikael Niku haluaa selvittää, millaisilla mekanismeilla äidin tai emän mikrobit ohjaavat immuunijärjestelmän kehitystä. Data-analyysejä tehdään Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n koneilla.
Mikrobit hajottavat elimistöön imeytyneet aineet aineenvaihduntatuotteiksi, metaboliiteiksi.
”Aikaisemmin me muiden tutkimusryhmien tavoin selvitimme, meneekö sikiöön äidin bakteereita. Terveessä sikiössä ei juurikaan ole eläviä bakteereita. Tiedetään kuitenkin, että sikiöön kulkeutuu mikrobien tuottamia pienimolekyylisiä metaboliitteja.”
Nikua kiinnostaa, minkälaisia metaboliitteja sikiöön kulkeutuu ja miten ne vaikuttavat kehitykseen.
”Mikrobien tuottamat metaboliitit imeytyvät suolistosta vereen ja veren kautta istukkaan ja sieltä sikiöön. Havaitsimme, että joidenkin metaboliittien pitoisuudet ovat yhteydessä sikiön geenien toimintaan. Nämä geenit usein liittyvät immuunijärjestelmään ja sen kehittymiseen.”
Niku analysoi mikrobistoja amplikonisekvensoinnilla, joka kohdentaa analyysin 16S-ribosomaalisen RNA:n (rRNA) geenialueelle. Näin voidaan tutkia mikrobiston koostumusta. 16S-geenialueet sekvensoidaan ja tunnistetaan julkisten tietokantojen kautta.
Nikun mukaan voidaan ennen pitkää sitten sanoa, minkälaisia bakteereja ja bakteerien tuotteita sikiö tarvitsee, jotta immuunijärjestelmä kehittyisi optimaalisesti.
”Voitaisiin ehkä kehittää esimerkiksi sellaisia probioottivalmisteita, joissa on elimistölle tarpeellisia mikrobeja tai mikrobien tuottamia aineita, joita ei nyt ole saatavilla.”
Lue koko artikkeli täältä
ELIXIR is partly funded by the European Commission