Suomen Akatemian tutkijatohtori Guilhem Sommeria-Klein kehittää matemaattisia malleja mikrobiyhteisöistä. Hänen tavoitteenaan on rakentaa tilastollinen kehikko mikrobiyhteisöjen rakenteen kuvaamiseen. Näitä malleja voidaan sitten soveltaa eri ympäristöihin, kuten merien tai ihmisen suoliston mikrobiomeihin.
Guilhelm Sommeria-Klein haluaa kehittää datan analysoimiseen ja tulkintaan entistä tehokkaampia menetelmiä. Tutkimuksessaan hän ei erikoistu puhtaasti matematiikkaan eikä biologiaan vaan yrittää kuroa umpeen katkoksia eri tutkimusalojen välillä.
”Tämä on tieteelliseen laskentaan keskittyneen tutkimusryhmämme ydinalaa, jota Sommeria-Kleinin työ erinomaisesti tukee”, sanoo Turun yliopiston apulaisprofessori Leo Lahti, jonka ryhmässä kehitetään koneoppimismalleja mikrobiryhmien seulomiseen.
”Mikrobiekologiassa on erityisen vahva tarve tällaiselle laskennalliselle perustutkimukselle. Näiden mallien avulla monimuotoinen mikrobien ekosysteemi voidaan palauttaa muutamiin yksinkertaisiin perusrakenteisiin. Merten mikrobiomin tutkimus on kiinnostavaa myös esimerkiksi Itämeren tilassa tapahtuvien muutosten seuraamiseksi. Tilastolliseen päättelyyn pohjautuvilla malleilla voidaan ottaa huomioon jo tunnettuja ennakkotietoja ja kuvata päättelyn varmuutta tuloksissa. Tässä tarvitaan CSC:n suurteholaskentaa, koska näiden mallien sovitus sisältää vaativaa laskentaa.”
Sommeria-Klein haluaa tutkia myös tulevaisuudessa erilaisia ekosysteemejä, jotka poikkeavat toisistaan.
”Haluamme tuoda yhdenmukaisen perspektiivin mikrobiekologiaan ekosysteemistä toiseen, koska sillä on merkittäviä seurauksia niinkin erilaisiin yhteiskunnallisiin asioihin, kuten ihmisen terveys, valtamerien ruokaketju ja globaali hiilen kierto.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keski- tettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
https://research.csc.fi/cloud-computing
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC –Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission