Itä-Suomen yliopiston professori Merja Heinäniemi tutkimusryhmineen tulkitsee laskennallisten menetelmien avulla syöpänäytteistä, millaiset solun prosessit ovat viallisia ja miten solut käyttäytyvät lääkehoitojen aikana.
Vuonna 2019 Heinäniemi yhdessä muiden tutkijoiden kanssa keräsi ison datakokoelman, jossa on yli 10 000 potilasnäytettä. Tämä HEMAP-data (hematological malignancies) on edelleen jaettavissa tutkijoille Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n kautta. Tästä datajoukosta pystyttiin päättelemään laskennallisin menetelmin yli 30 syöpätyyppiä. Lisäksi löydettiin tauteja kuvaavia uusia biomarkkereita sekä uusia lääkeaihioita kun data yhdistettiin lääkekohdetietokantoihin. CSC:n ylläpitämä HEMAP mahdollistaa lääkeainemolekyylien kohdegeenin analyysin ja pilottiversiossa mukana on yhden solun tarkkuudella tehtyjä mittausprofiileja myös solutyyppien tunnistamisen.
Esimerkiksi lasten leukemiasta löytyi molekyylitasoltaan eri tyyppisesti käyttäytyviä alityyppejä.
”Pystymme huomaamaan jo dataryhmittelystä, että taudin alatyypitkin ovat geeniluennan profiileiltaan ainutlaatuisia ja ne voidaan tunnistaa datan perusteella. Yhteen koottu data paljasti meille molekyylitasolla taudin heterogeenisyyttä ja toisaalta yhteneväisyyksiä eri tautien välillä.”
Heinäniemi on etsinyt datan perusteella sellaisia potilaita, joille hoito voisi olla kevyempää. Solunsalpaajat eli sytostaatit ovat syöpäsolujen tuhoamiseen tarkoitettuja lääkkeitä. Ne kuitenkin voivat aiheuttaa paljon haittavaikutuksia. Huonon hoitovasteen saavilla potilailla on yleensä myös suurentunut riski taudin uusiutumisesta.
Nyt Heinäniemen ryhmä on alkanut käyttää kehittämiään neuroverkkomalleja. Dataa kerätään eri tutkimuksista tähän malliin.
”Leukemia-hankkeemme keskittyy lasten syöpiin. Se on hyvin harvinainen syöpätyyppi: jos me emme saa yhdistettyä dataa niin ne aineistot jäävät todella pieniksi. Tavoitteena on näissä hankkeissa hyödyntää CSC:n infrastruktuuria. Näin pystyttäisiin prosessoimaan datat valmiiksi ja jakamaan ne tiedeyhteisön käyttöön.”
Datan jakaminen vaatii luottamuksen luomista. Käytännössä se tarkoittaa yhteistyötä hankkeissa mukana olevien potilaiden kanssa.
”On todella tärkeää, että he osallistuvat ja että heidän datansa on tietoturvallisesti säilytetty ja että tutkijat pystyvät aineistojen kanssa tekemään työtään. Sitähän CSC on mahdollistamasssa kansallisesti ja EU-tasolla olemalla mukana ELIXIR-infrastruktuurissa.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
https://research.csc.fi/cloud-computing
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission