”Jotta saisimme sekvenssitietomassasta ymmärrettävää aineistoa, jota voidaan oikeasti lähteä tilastollisesti analysoimaan, se edellyttää CSC:n tarjoamia resursseja. Kasvavassa määrin käytämme näitä palveluja yhteistyöalustana. Voimme rakentaa yhdessä muiden tutkimusryhmien kanssa työvirtoja, jolloin data on CSC:n kautta saatavissa ja analyysiympäristö yhdessä paikassa eli CSC:n palvelimilla. Tärkeä on myös päästä CSC:n kautta ELIXIRin tarjoamiin bioinformatiikan dataresursseihin. Me myös kasvavassa määrin käytämme näitä palveluja laskennallisten menetelmien koulutuksessa.”
Datatieteen apulaisprofessori Leo Lahti Turun yliopistosta kehittää tutkimusryhmänsä ja yhteistyökumppaneidensa kanssa koneoppimismalleja, jotka seulovat laajoista datakokoelmista mikrobiryhmiä.
”Sairauksien synnyssä mikrobiomi on vain yksi osanen, mutta se on sellainen osanen, jota ei ole aikaisemmin pystytty tutkimaan näin kattavasti koska vasta nyt meillä on käytössämme tehokkaat mittausmenetelmät,” sanoo Lahti.
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC –Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission