Tutkijat voivat siirtää laskentansa Googlen Colabista CSC:n ympäristöön uuden sovelluksen avulla. Samanlaista menettelytapaa voidaan soveltaa, jos halutaan vaihtaa yhdestä superlaskentaympäristöstä toiseen.
CSC – Tieteen tietotekniikan keskuksen sovellusasiantuntija Laxmana Yetukuri ja Turun Biokeskuksen erikoistutkija Michael Courtney ovat kustomoineet grafiikkaprosessoreilla varustettujen kannettavien tietokoneiden liittämisen CSC:n superlaskentaympäristöön, jotta niitä voidaan käyttää syväoppimisen mallien luomiseen biologisesta kuvantamisdatasta. Kannettavat laitteet on kehitetty Turun biokeskuksen ryhmässä. Tarjolla on myös avoimen lähdekoodin työkalupakki ImageJ/Fiji syväoppimisen mallien luomiseen mikroskopiassa. Sen käyttöä tutkitaan CSC:ssä, ELIXIR-infrastruktuurin Suomen noodissa.
Tutkijat voivat siirtää laskentansa Googlen Colabista CSC:n ympäristöön käyttämällä sisäisesti kehitettyä konttitekniikkaa. Sovellusten kontittamisen (container wrapper) avulla tutkijat saavat määrittää vakioidun ympäristön, jossa he voivat ajaa tieteellisiä ohjelmistojaan. Ohjelman koodi kirjastoineen ja asetuksineen asetetaan konttiin. Kun ohjelmistot ja data on paketoitu kontissa omaan wrapper-työkaluun, seuraavat käyttäjät voivat aloittaa sovelluksen käytön ilman esiasennuksia.
”Teemme tutkijoiden työn helpommaksi. Meillä on helpot ohjeet sovelluksen asentamiseen kustomoituihin tietokoneisiin. Kun projektin jäsen asentaa sovelluksen, muiden tutkijoiden ei tarvitse asentaa mitään ohjelmistoja käyttääkseen näitä kustomoituja koneita, vaan he voivat heti aloittaa työskentelyn. CSC:n laskentaympäristöön pääsee käyttöliittymän (www.puhti.csc.fi) avulla muutamalla klikkauksella”, sanoo Yetukuri.
”Biologinen kuva-analyysi tarvitsee laajempaa levytilaa tallentamiseen. CSC:n ALLAS tarjoaa hyvän tallennusympäristön. Laskentaympäristöön pääsee, kun on saanut käyttäjätunnuksen CSC:ltä”, Yetukuri jatkaa.
Lue lisää täältä:
ELIXIR is partly funded by the European Commission