Enlighten Your Research Global palkinto: samoja virtuaalikoneita eri pilvipalveluihin

Kansainvälisen yhteistyöryhmän Elixir-hankkeessa kehittämä idea virtuaalikoneiden jakamisesta on voittanut kansainvälisen EYR-palkinnon. Palkinto julkistettiin Supercomputing 2013-tapahtumassa Denverissa 18.11.2013. CSCja yhteistyökumppaneiden kehittämässä sovelluksessa (Cross Site VM Operation) Britannian, Alankomaiden ja Suomen biolääketieteen data analyysejä voidaan jakaa tutkimusverkkojen kautta virtuaalisesti. Konseptin avulla eri maissa työskentelevät tutkijat voivat löytää tietoturvallisesti ja huomattavasti aiempaa helpommin merkityksiä valtavasta biolääketieteellisen tiedon massasta.

Biotieteiden analyyseissä tarvittavat ohjelmistot ovat monimutkaisia ja nopeasti kehittyviä. Ohjelmistoja käyttävät tutkijat eivät ole välttämättä laskentatekniikoiden asiantuntijoita. Monimutkaistenkin data analyysien tekeminen pitäisi olla loppukäyttäjälle helppoa.  Lisäksi geenitutkimuksen datamäärät ovat valtavia: dataa ei voi enää tallentaa omalle tietokoneella vaan data-analyysi edellyttää kokonaisen työvuon, joka ajetaan pilvipohjaisessa klusterissa. Myöskään ohjelmistoja ja lähdekoodia ei enää välttämättä jaeta, vaan asiantuntijat ovat alkaneet käyttää verkon yli täysin määriteltyjä virtuaalikoneita.

Sovellus on myös osa ELIXIR-hankkeen pilottia, jossa luodaan biolääketieteen vaatimuksille sopiva federoitu pilvipalvelu. Tavoitteena on, että virtuaalikoneita voidaan käyttää erilaisissa pilvipalveluissa kuten isojen eurooppalaisten tutkimusorganisaatioiden ja infrastruktuurien (mm. EMBL, CERN, ESA, EGI) yhteisissä tiedepilvipalveluissa (esim. HelixNebula). Suomalaiset, alankomaalaiset ja brittiläiset ELIXIR-jäsenet koekäyttävät konseptia parhaillaan. Projektin kuuluvat University Medical Center Groeningen, CSC – Tieteen tietotekniikan keskus, Cambridgen yliopisto, Euroopan Bioinformatiikan instituutti (EMBL-EBI), ELIXIR ja Surfnet.

”Suomeen kaavailtu ELIXIRin solmupiste CSC:llä on erikoistunut biolääketieteen pilvilaskentaan. Pilottipalvelun käyttöaste on ollut kaksi vuotta eksponentiaalisessa kasvussa ja palaute erinomaista. Kansainvälisen yhteistyön kautta pyrimme turvaamaan Suomeen lisää kapasiteettia ja tietotaitoa, ettei datan analyysi muodostuisi pullonkaulaksi tutkimukselle”, toteaa Suomen ELIXIR-solmupisteen vetäjä Tommi Nyrönen CSC:ltä.

Enlighten Your Research Global on palkinto, jonka jakavat  viisi tutkimusverkkoa (ESnet (USA), Funet (Suomi), Internet2 (USA), Janet (Britannia) and SURFnet (Alankomaat). Palkinnon avulla voidaan kattaa kustannukset yhden verkkoinfrastruktuurin rakentamisesta ja sen toiminnasta vuodeksi.

https://www.enlightenyourresearch.net/

ELIXIRin tavoitteena on järjestää biotieteiden tuottamien suurten biologisten tietomassojen kerääminen, laaduntarkkailu ja arkistointi.

http://www.elixir-europe.org/

Viitteet:

• Tommi Henrik Nyrönen, et.al.: “Delivering ICT Infrastructure for Biomedical Research”, WICSA/ECSA ‘12 Proceedings of the WICSA/ECSA 2012, Companion Volume p 37-44
• “Géant and the global alliance, ready for ready for the secure global sharing of genomic data”, Géant Connect, Oct 2013, pp. 4-5
• H. Byelas, M. Swertz, et.al, “Scaling bio-analyses from computational clusters to grids,” in proceedings of the 5th International Workshop on Science Gateways (IWSG 2013). CEUR-WS.org, ISSN: 1613-0073, 2013, p. 8.
• H. Byelas and M. Swertz, “Visualization of bioinformatics workflows for ease of understanding and design activities,” in proceedings of the BIOSTEC BIOINFORMATICS-2013 conference, pp. 117–123, 2013.