Mitä solu puuhaa juuri nyt, ja missä kohtaa kudosta? Perinteinen sekvensointi kertoo vain keskiarvoja koko näytteestä, eikä yksittäisten solujen toiminta tai sijainti näy tuloksissa lainkaan.
Spatiaalinen transkriptomiikka ratkaisee molemmat ongelmat kerralla – mutta menetelmä on niin uusi, ettei sille ole vielä edes vakiintuneita analyysistandardeja. Helsingin yliopiston tohtorikoulutettava Franziska Niemeyer oppi tekniikan ELIXIR Single-Cell Omics Communityn kansainvälisellä huippukurssilla Sveitsin Lausannessa. Siellä selvisi nopeasti, ettei edes alan asiantuntijoilla ole vielä yhteistä näkemystä parhaista käytännöistä.
Tänä keväänä Niemeyer toi opit Suomeen: hän oli mukana järjestämässä spatiaalisen transkriptomiikan kurssia Helsingin yliopistolla. ”Koulutus on välttämätöntä, jotta tästä kalliista datasta saadaan arvokasta tietoa”, sanoo ELIXIR-Suomen koulutuskoordinaattori Eija Korpelainen. Hän painottaa, että ala kehittyy niin nopeasti, että kansainvälinen yhteistyö on ainoa tapa pysyä mukana.
Lue lisää aiheesta:
ELIXIR is partly funded by the European Commission