Geneetikko Petri Auvinen tutkimusryhmänsä kanssa selvittää DNA-näytteiden avulla, mitä Itämeren ekosysteemissä on tapahtunut 10 000 vuoden aikana.
Petri Auvinen työskentelee Biotekniikan instituutin tutkimusjohtajana Helsingin yliopistossa. Hänen tutkimuksensa keskittyy genomiikkaan ja metagenomiikkaan. Kun genomiikassa tutkitaan eliön koko perimää, metagenomiikassa voidaan tutkia ja sekvensoida puolestaan samanaikaisesti lukuisia eliöitä, kuten mikrobeja, samasta näytteestä. Mikro-organismien tutkimus onkin tehostunut huomattavasti. Minkä tahansa ympäristöstä, maaperästä tai suolistosta otetun sekvenssinäytteen perusteella voidaan selvittää mikrobiyhteisön koostumus. Puhutaan mikrobiomista, joka viittaa tietyn elinympäristön mikrobistoon ja sen geenistöön eli metagenomiin.
”Me pystymme sedimentistä sanomaan, milloin se on syntynyt. Tutkimme sedimenteistä mitä mikrobeja, muita eliöitä ja kasveja on tiettynä ajanjaksona ollut.”
Osa datasta analysoidaan CSC:n ePouta -laitteistolla, mutta osa täytyy tehdä omilla laitteilla.
”Ohjelmistot voivat olla niin hankalia, että niitä ei voida CSC:n isoon systeemiin tehdä. Meillä on virtuaalikoneita, joita me käytetään, mutta niissäkin on omat rajoituksensa. Meillä on myös sellaisia ajoja, jotka voivat kestää taukoamatta kuukausia. CSC:ssä on tuhansia käyttäjiä ja CSC:n ympäristössä on ymmärrettävästi huoltokatkoja.”
”Nyt jo pystymme tekemään isoja genomeja sata kertaa paremmin kuin muutama vuosi sitten. Mutta dataa tulee koko ajan enemmän ja se pitää pystyä tallentamaan tehokkaasti ja siten, että data on vertailukelpoista muun datan kanssa. Datan tallentamisessa, siirtämisessä ja laskemisessa jatkamme CSC:n kanssa yhteistyötä.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keski- tettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
https://research.csc.fi/cloud-computing
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission