Suolistomikrobistolla on vaikutus ihmisen terveyteen, mutta mikrobiston toimintaa ei tunneta tarpeeksi hyvin. Aiemmat tutkimukset ovat pääosin keskittyneet mikrobiston koostumuksen selvittämiseen, mutta ihmisen suoliston mikrobiston toiminnoista proteiinitasolla on edelleen varsin vähän tietoa. Metaproteomiikka on hyvä menetelmä tutkia ihmisen suolimikrobistoa, koska sen avulla voi luokitella ja tunnistaa mikrobiyhteisöissä toimivat proteiinit.
”Metaproteomiikkaan tarvitaan massiivinen laskentakapasiteetti, koska tunnistaminen on niin haastavaa. Meillä on referenssinä miljoonia eri proteiineja tuhansista bakteerilajeista, joita näytteistä yritetään tunnistaa. Lopputuloksena kuitenkin on, että näytteestä saadaan todella tarkka ja vertailukelpoinen mittaus,” sanoo tutkija Tomi Suomi Turun yliopistosta.
Suomi kuuluu tutkimusryhmään, joka käyttää Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n laskentakapasiteettia. CSC:n virtuaalikoneet on liitetty Turun yliopiston paikallisen laskentaklusterin jatkeeksi.
Tomi Suomen mukaan tämä mittausmetelmä vaikuttaa toimivan kliinisissä näytteissä varsin hyvin. Tulevaisuudessa esimerkiksi biopankkeihin tallennettuja ulostenäytteitä voitaisiin mitata vertailukelpoisesti.
”Tällä hetkellä ainoastaan tämän menetelmän avulla pystymme mittaamaan riittävän vertailukelpoisesti eri yksilöiden välisiä eroja vaikkapa osana sairauksien syntyprosessia. Uudella menetelmällä isojenkin kohorttien tutkiminen on mahdollista.”
Lue lisää täältä
ELIXIR is partly funded by the European Commission