Piia Bartos Itä-Suomen yliopistosta on tutkinut RNA:han sitoutuvia proteiineja (RBP-proteiinit), joilla voi olla merkitystä syövän hoitamisessa. Niillä on havaittu olevan merkitystä syöpäsoluille etenkin lääkevasteissa ja lääkeresistenssin muodostumisessa. Yli 1500 RBP-proteiinia on löydetty. Muutoksen näiden proteiinien toiminnassa voivat vaikuttaa syöpägeenien ilmentymisen tasoon.
”Erityisenä kiinnostuksen kohteenamme ovat argonauttiproteiinit, joilla on tärkeä rooli RNA-välitteisessä geenien hiljentämisessä eli RNA-häirinnässä. Näistä tärkeimpänä on Ago2,” sanoo tutkija Bartos.
Kun RNA on sitoutunut Ago2-proteiiniin, tätä yhdistelmää kutsutaan RNA-Ago2-kompleksiksi. Argonautti 2-proteiini sitoo mikro-RNA -molekyylejä soluissa.
”Koska argonautti-2 on solun toiminnalle elintärkeä proteiini, se todennäköisesti vaikuttaa kaikkiin syöpätyyppeihin. Jos se poistetaan soluista, solut eivät pysy elossa. Jos sen toiminta pystyttäisiin poistamaan syöpäsoluissa, syöpäsolutkaan eivät pysyisi elossa. Näin voitaisiin estää syöpäsolujen kasvaminen ja leviäminen.”
Molekyylidynamiikan simulaatiot ovat antaneet tietoa, miten biomolekyylit vuorovaikuttavat toisiinsa atomien tasolla. Koska atomit ovat jatkuvassa liikkeessä, niiden väliset voimat lasketaan ja tämän perusteella selvitetään esimerkiksi proteiinin atomien uudet sijainnit, nopeudet ja energiat. Näin saadaan uutta tietoa lääkeainesuunnitteluun. Molekyylidynamiikkasimulaation avulla voidaan tehdä eräänlaisia videoita Ago2-RNA-kompleksien liikkeistä ja vertailla aktivoivien ja hiljentävien kompleksien eroja.
Simulaatiossa käytetty RNA-sekvenssidata saatiin A.I Virtanen-instituutista. Simulaatioissa oli kuusi RNA-molekyyliä, joista kolme lisäsi ja kolme vähensi proteiinien tuotantoa. Näille kaikille tehtiin molekyylidynamiikan simulaatioita noin 50 mikrosekuntia eli sekunnin miljoonasosa systeemiä kohden. Simulaatioissa tarvittiin paljon Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n laskentaresursseja.
Lue lisää täältä:
ELIXIR is partly funded by the European Commission