Nestebiopsiasta on tulossa yhä merkittävämpi syöpien diagnostiikan menetelmä. Nestebiopsia perustuu siihen, että elimistön solut vapauttavat verenkiertoon ja ruumiinnesteisiin DNA:ta, jota kutsutaan solunulkoiseksi DNA:ksi (cell free DNA, cfDNA). Syöpäsoluista vapautuu siis potilaiden verenkiertoon DNA:ta, joka sisältää kullekin syövälle ominaisia mutaatioita. DNA sekvensoidaan, jolloin saadaan selville kasvaimessa olevat geneettiset muutokset.
Mitä eheämpää eli vähemmän pilkkoutunutta solunulkoinen DNA on, sitä enemmän se on yhteydessä huonoon rintasyövän ennusteeseen.
”Meillä on CSC:n resursseja käytössä nimenomaan koneoppimisen takia. Toistaiseksi olemme kehittäneet syöpäriskin analytiikkaa, mutta samoja malleja hyödynnetään näiden nestebiopsiatulosten jatkotyössä. Vielä tätä dataa ole jatkotyöstetty”, sanoo professori Arto Mannermaa Itä-Suomen yliopistosta.
Lue lisää:
ELIXIR is partly funded by the European Commission