• Suomi
  • English

Tehokkaat sekvensointimenetelmät ovat elinehto mikrobien vaikutusten tutkimiselle

llman altistumista muulle luonnolle ja sen mikrobeille, elimistömme immuunipuolustus ei toimi tarkoituksenmukaisesti. Helsingin yliopiston yhteisöekologi Mira Grönroos on kiinnostunut millä tavalla metsässä oleskelu ja erilaiset kontaktit luontoon vaikuttavat ihon mikrobistoon.

Yhdessä tutkimuksessa lisättiin päiväkotien lapsien kontakteja luonnon mikrobistoon. Kokeilla osoitettiin ensimmäistä kertaa maailmassa, että lasten immuunijärjestelmän säätely muuttui, kun lapset olivat kontaktissa monimuotoiseen, luonnon materiaaleista peräisin olevaan mikrobistoon.

Hiekasta, ihosta ja suolistosta kerätty mikrobisto sekvensoitiin. Tutkimuksessa selvitettiin, miten mikrobisto muuttui koeryhmällä ja kontrolliryhmällä. Tutkimuksessa sekvensoitiin 16S- ribosomaalisen RNA:n geenialue (16S rRNA) ja bioinformatiikka tehtiin Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n resursseilla. 16S- geenialueet ovat säilyneet evoluutiossa muuttumattomana miljoonia vuosia bakteereilla, minkä vuoksi näiden geenialueiden perusteella voidaan tunnistaa eri lajeja.

Lasten ihosta saatiin selville bakteeriyhteisön koostumus, metagenomi. Yli 30 bakteerisuvun suhteellinen runsaus kasvoi lasten iholla. Iholla olevien immuunipuolustusta tehostavien gammaproteobakteerien runsastuminen oli yhteydessä allergioiden ja immuunivälitteisten sairauksien syntyyn yhdistetyn interleukiini-17A:n muutokseen.

”Tehokkaat sekvensointimenetelmät ja niillä saatu data ovat elinehto mikrobien monimuotoisuuden sekä sen vaikutusten tutkimiselle. Pelkillä kasvatusmenetelmillä ei pystytä tutkimaan tällaisia kysymyksiä”, sanoo Grönroos. Rinnakkaissekvensointi tarkoittaa miljoonien, jopa miljardien DNA-pätkien tunnistamista yhdestä näytteestä yhdellä kertaa.

Lue lisää täältä: