Yhdestä potilaan kudosnäytteestä voidaan nykytekniikoilla profiloida tuhansia, jopa kymmeniä tuhansia soluja. Näytteestä voidaan luotettavasti profiloida, minkä tyyppisiä soluja se sisältää.
”Vaikka solut näyttäisivät mikroskoopin alla samanlaisilta, niiden tehtävä voi tarkentua täysin erilaiseksi, kun päästään katsomaan geenien ilmentymistä yhden solun tarkkuudella”, sanoo tutkija Päivi Saavalainen.
Saavalainen työskentelee Folkhälsanin tutkimuskeskuksessa ja hän on myös yksisolutekniikkaan erikoistuneen yrityksen SCellexintoimitusjohtaja. Saavalainen, joka on yhdessä Suomen ELIXIR-keskus CSC:n kanssa järjestänyt yksisoluanalytiikan kursseja tutkijoille, pitää yksisolutekniikkaa yhtenä mullistavimmista menetelmistä biotieteissä viimeisten vuosien aikana.
”Esimerkiksi syöpätutkimuksessa on tärkeää saada dataa yhden solun tarkkuudella. Syöpäsolut nimittäin muuttuvat koko ajan, jolloin jokainen solu alkaa olla erilainen. On myös geenimutaatioita, joiden seurauksena tietyt geenit käynnistyvät ja tiettyjen toiminta lakkaa.”
Datasetit ovat valtavan isoja ja laskentaan tarvitaan Suomen ELIXIR-keskuksen CSC:n palveluja. Saavalaisen mukaan koneoppimisen mallit ovat ensiarvoisen tärkeitä.
”Jos näytteessä on kymmeniä tuhansia soluja ja kaikista niistä on kymmenien tuhansien geenien mittaustulokset, niin mikrokuulien lisäksi itse biologinen RNA-data on valtavan monimutkaista. Sen analysoimiseen tarvitaan koneälyä. Koneäly voi löytää sellaista uutta informaatiota, mikä ei onnistu perinteisillä analyysityökaluilla. Luulen, että CSC:n laskentakapasiteetti riittää meidänkin haasteellisten koneälymallien ratkaisemiseen.”
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
https://research.csc.fi/cloud-computing
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
https://www.elixir-finland.org
ELIXIR is partly funded by the European Commission