BeYond-COVID -projektin (By-COVID) tavoitteena on saattaa eri Euroopan maista kerätty COVID-19 data tutkijoiden, sairaaloiden ja julkishallinnon saataville.
By-COVID -projektin sivuilla on saatavilla COVID-19-dataa sisältämä portaali. Hanketta koordinoi ELIXIR -infrastruktuuri, jonka jäsenorganisaatio EMBL-EBI on koonnut portaalin tärkeimmät koronaviruksen data-aineistot. Tutkijat pääsevät portaalin kautta analysoimaan COVID-19 viitedataa. Se sisältää yli 8 miljoonaa COVID-viruksen sekvenssiä.
Suomen Akatemia rahoitti Suomen ELIXIR -keskuksen CSC:n kokeilua, jossa portaalin sisältämää dataa analysoitiin ja testattiin Suomen LUMI-supertietokoneella. Työ tukee By-COVID -hanketta: CSC:n tärkeä tehtävä on edistää supertietokoneiden käyttöä dataintensiivisessä laskennassa.
Suomen ELIXIR-keskuksen johtajan Tommi Nyrösen mukaan projekti selviytyi monista teknisistä datan hallinnan haasteista
“Laskennan työvuot Euroopan bioinformatiikan instituutista EMBL-EBI:stä mahdollistivat COVID-19 virusdatan analysoimisen ja tämä työ tehtiin yhteistyössä CSC:n ja EMBL-EBI:n asiantuntijoiden kanssa. Eurooppalaisessa superlaskennassa voimme nyt siirtää satoja tuhansia viruksen datapisteitä päivittäin laskentakeskusten välillä ja tässä apuna ovat eurooppalaiset tutkimusverkot.”
Tästä seuraa, että supertietokoneen kapasiteettia tarvitaan tulevaisuudessa analysoimaan koko dataa.
“Tätä vaaditaan nopean vastatoimen takia pandemian ollessa kyseessä ja myös COVID-19-portaalissa olevan datasta saadun tiedon päivittämiseksi.”
Lue lisää
ELIXIR is partly funded by the European Commission