Suurin osa elimistömme soluista ei liiku mihinkään. Sääntöön on kuitenkin poikkeuksia: alkionkehityksessä ja immuunijärjestelmässä solut etsiytyvät sinne, missä niitä tarvitaan.
Liikkeessä ovat myös immuunijärjestelmän viholliset, syöpäsolut, jotka vaeltavat elimistössä etsien paikkaa uudelle etäpesäkkeelle.
Tätä liikettä ei kuitenkaan ymmärretä kovinkaan hyvin, kertoo Åbo Akademin biokuvantamisen apulaisprofessori Guillaume Jacquemet.
”Tiedämme, että syöpäsolut reagoivat ympäristöönsä, etsiytyvät otollisiksi katsomiinsa paikkoihin ja kiinnittyvät paikoilleen proteiinien avulla. Mutta se, miten ne oikeastaan tekevät tämän kaiken, on vielä monella tapaa auki.”
Oleellista roolia tässä näyttelevät filopodit, jotka ovat solujen seinämistä sojottavia karvamaisia ulokkeita. Filopodien avulla solut havainnoivat ympäristöään ja etsivät sopivia paikkoja.
”On selvää, että solujen filopodit käyttävät erilaisia proteiineja, joilla ne kiinnittyvät, mutta emme vielä ymmärrä koko kuviota.”
Tämän liikkeen mekanismeja Guillaume pyrkii selvittämään Cell Migration -tutkimusryhmässään.
Työ on perustutkimusta, jossa jopa työkalut täytyy usein kehittää itse. Guillaumen ryhmä ohjelmoi itse järjestelmiä, jotka tunnistavat soluja mikroskooppikuvista ja osaavat kiinnittää huomiota olennaisiin muutoksiin.
”Kaikki tekemämme koodi lähtee tutkimuksemme tarpeista. Tämä mahdollistaa hyvin luontevan kehitystyön: mietimme, mitä tarvitsemme, ja sitten teemme sen.”
Ryhmä tarjoaa kaikki työkalut avoimesti saataville, samoin kuin aineistonsa, jotka se tallentaa julkisiin tietokantoihin kuten PRIDE, Zenodo ja BioImage Archive.
”Minusta työkalujen tarjoamista käyttöön ei oikeastaan voi erottaa datan avoimuudesta. Ilman ohjelmistoa muut eivät voi itse vahvistaa, miten dataa on analysoitu ja miten ohjelmisto vaikuttaa lopputulokseen.”
Lue lisää Guillaumen ryhmän tutkimuksesta ja ohjelmistokehityksestä:
ELIXIR is partly funded by the European Commission