PerMedCoE- hankkeessa yhdistetään kliinistä potilastietoa geenien ja proteiinien ja solujen toimintaan liittyvään tietoon. Tavoitteena on kehittää täsmälääketieteessä käytettäviä työkaluja. Solujen mallintaminen yksityiskohtaisesti on kuitenkin valtava urakka ja vaatii paljon supertietokoneiden laskentatehoa.
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus ja Barcelonan superlaskentakeskus (BSC), yhdessä kymmenen muun akateemisen ja kaupallisen toimijan kanssa, aloittivat lokakuussa 2020 Euroopan komission huippuyksikköhankkeen HPC/Exascale Center of Excellence for Personalised Medicine (PerMedCoE). Hankkeessa kehitetään solutason mallinnusohjelmistoja suurteholaskentaan soveltuviksi. Suurteholaskennan avulla biologinen data kuten genomiikka ja proteomiikka voidaan tuoda osaksi täsmälääketiedettä, koska datan analysointi nopeutuu huomattavasti. Esimerkiksi sairauden diagnooseja pitäisi käytännössä pystyä tekemään tuntien tai päivien sisällä. PerMedCoE on osa ELIXIR Suomen kehitysohjelmaa.
PerMedCoE:n tulokset ja työkalut on tarkoitettu kaikille tutkijoille.
“Kun projekti päättyy kesällä 2023, meillä on päivitettyjä versioita avoimen lähdekoodin pohjalta kehitetyistä mallinnustyökaluista ja ne saatetaan tutkijayhteisön saataville. Hankkeessa luodaan myös uutta osaamista tukemaan täsmälääketieteen työkalujen käyttöä CSC:n laskentaympäristöissä,” sanoo Jesse Harrison CSC:stä.
Lue lisää täältä
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy
on valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima, voittoa tavoittelematon osakeyhtiö. CSC ylläpitää ja kehittää valtion omistamaa keskitettyä tietotekniikkainfrastruktuuria.
ELIXIR
rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC –Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
ELIXIR is partly funded by the European Commission